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Tests de résolution : A. pellucida


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67 réponses à ce sujet

#51 Jean Marie Cavanihac

Jean Marie Cavanihac

    AUTEUR-MODERATEUR

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Posté 25 juin 2010 - 11:01

Bonjour à tous,


tout à fait d'accord le sujet est important mais les posts trop nombreux ! Il y avait aussi un phénomène que j'avais pressenti lors de la réduction d'image, c'est de le faire par un facteur entier (multiple de 2 ?) pour éviter la reconstitution de pixels interpolés. Pour moi l'interpolation correspond à faire un pixel intermédiaire en prenant la "moyenne" (encore faut il définir comment elle est calculée !) des deux pixels adjacents .
amitiés,
JMC
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#52 adn25fr

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    Purgatorius

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Posté 25 juin 2010 - 11:32

Michel,
Il est possible de clore le sujet, mais, de toute façon, il doit rester accessible à tous les membres de MikrOscOpia et il faut pouvoir éventuellement en cas de contestation s'y référer.

Il me semble qu'il est en effet temps de revenir à la question initiale et au commentaire de mes schémas d'interprètation placés ici
http://forum.MikrOsc...indpost&p=35513

Je pense que le mieux est de poursuivre sur le mème sujet, mais je peux aussi reformuler ma question dans un nouveau sujet...

Jean marie,
pour moi ta définition correspond en imagerie à de l'extrapolation.
Mais il semble que les 2 termes soient confondus ...
  • 0

#53 Michel

Michel

    Homo sapiens microscopicus

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Posté 25 juin 2010 - 03:11

Daniel,

Il n'est bien sûr pas question d'abandonner le sujet, mais de le reprendre sous une forme plus claire en séparant les composants qui peuvent être traités séparément.
Bien entendu le sujet initial ne va pas disparaitre, même s'il est très lourd sur le serveur .

Tes schémas d'interprétation sont très intéressants, mais comme je l'ai dit, prématurés.
C'est pour cela que je me suis interdit d'en parler pour le moment.

Tu dis dans ton sujet Agrandissement d’une image au delà de l’échelle 1 Les dérives de l’interpolation (ou extrapolation) et plusieurs fois ailleurs la même chose :

Chaque pixel de l’image initiale a été transformé en pavé de 8x 8 pixels identiques. L’information de l’image de départ est respectée.


C'est moi qui souligne.
Il y a quelque chose dans cette démarche qui me gène.

Chaque pixel de l'image initiale a été transformé en un pavé de x X x, dis-tu?
Je veux bien mais comment peux-tu savoir si la vérité est respectée puisque on ne voit pas les fameux pixels, et qu'on est justement obligé d'en agrandir artificiellement la taille pour en connaitre l'aspect?

Dans le cas où l'on verrait les pixels de l'image initiale, à quoi servirait-il d'agrandir l'image?

Ce qui me gène c'est de choisir un algorithme en fonction des résultats qu'on en attend.
Avoir une idée préconçue de ce que l'on cherche, contredit le principe d'objectivité.
En Art, on peut torturer la réalité pour obtenir une oeuvre de création qui nous satisfasse.
En science on doit se contenter des faits.

Dans notre affaire, la validité d'une commande dans un logiciel, passe par la connaissance justement de son algorithme pas de son résultat.

Dans mon menu (qui était au départ caché : case Paramètres avancés non cochée) pourquoi dans la liste privilégier une option par rapport à une autre ?
Parce qu'un résultat est plus agréable qu'un autre?

Bi-cubique
Optimal
Bilinéaire
Redimensionnement des pixels
Moyenne pondérée
(et dans les tiens, probablement d'autres choix sont proposés.)
ne font pas partie du vocabulaire du microscopiste.

Es-tu capable, sauf de me dire celui-ci donne de meilleurs résultats que les autres, de m'expliquer qu'elle est la différence (sans aller chercher dans les bases de connaissances) de l'un par rapport à l'autre ?

La multiplicité des algorithmes proposés est en ce sens un aveu. Pourquoi en faut-il autant ?

Personnellement, en l'absence de preuve, je considère ces réglages comme je le ferais pour les options dans le menu des effets spéciaux.
Les résultats sont différents mais cela ne dit pas quel est celui qui est le plus conforme à la vérité.
Nous cherchons la vérité, c'est bien que nous ne la connaissons pas encore.

C'est dans cette optique que j'ai commencé ce sujet (bien trop vaste pour n'en faire qu'un) bien loin des luttes d'influence ou des préoccupations artistiques.

Jean-Marie,
Ta remarque, que tu avais faite, il y a bien longtemps, est tout à fait pertinente, mais uniquement pour l'agrandissement.
Par contre quoi qu'on fasse une réduction est obligatoirement dégradante en terme d'information.
Je pense qu'il sera facile d'en apporter la démonstration.

Amitiés.
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#54 adn25fr

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    Purgatorius

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Posté 25 juin 2010 - 11:06

Ta démarche est totalement contradictoire, prise entre une obsession de "voir" qui est en fait d'interprèter et des règles affichées de rigueur scientifique.
tu dis

nous cherchons la vérité

et

on est obligé d'agrandir les pixels pour en connaitre l'aspect

puis plus loin

En science on doit se contenter des faits

Je dis que rien ne t'oblige à agrandir les pixels!, qu'il faut se contenter de l'image brute obtenue, sans interpolation.
Nos instruments n'enregistrent rien d'autre que des pixels!!
toute interpolation sert à "faire joli"!
Il faut se contenter des faits qui sont les pixels et juste éventuellement les transformer en carrés plus gros pour rendre visible leur disposition comme je l'ai fait dans les images envoyées.
Toute la controverse est née de l'aspect de tes agrandissements obtenus par interpolation...

Ce qui me gène c'est de choisir un algorithme en fonction des résultats qu'on en attend

Mais bon sang, il serait vain et antiscientifique de choisir un algorithme. Tu ne veux pas faire de l'art, tu veux te contenter de faits alors, n'as tu pas encore compris que le mieux est de ne pas faire d'interpolation?
Et donc d'utiliser la transformation 1 pixel donne un pavé !

Il ne faut pas considèrer les pavés de pixels comme une représentation plus précise de la réalité, mais simplement comme un agrandissement de l'enregistrement.

Pour savoir quelle réalité, il y a derrière les pixels, le plus simple est de chercher d'autres faits, donc d'utiliser un instrument qui donne plus de pixels! i.e. en l'occurence un microscope électronique.
Si nous n'avions pas cela, nous pourrions éventuellement essayer de partir de la forme des photosites des capteurs (qui ne sont pas toujours des carrés mais qui peuvent être des cercles non jointifs ou des rectangles se touchant...) pour améliorer nos images agrandies. Ce serait plus rigoureux que d'utiliser des algorithmes proposés par les mathématiciens aux concepteurs de logiciels d'imagerie avant tout pour "fondre", "lisser" les images de basse définition agrandies.
  • 0

#55 Michel

Michel

    Homo sapiens microscopicus

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Posté 26 juin 2010 - 01:43

Daniel ! Oh Daniel !!

Je suis à 90 % d'accord sur ce sujet de la recherche de vérité.
Nous avons le même but et nous disons la même chose, alors arrête de rabâcher les mêmes arguments.
Ne cherche pas la contradiction à tout prix.
Soit tu es d'accord sur un point, soit tu ne l'es pas, dans ce cas on essaye d'analyser le problème.
Soit tu vois les luminophores et tu n'a pas besoin de les agrandir, soit comme moi tu ne les voit pas individuellement et tu les agrandis le plus rationnellement possible.
J'ai reconnu que mon agrandissement avait subi une interpolation involontaire !
Que te faut-il de plus?

Mais bon sang, il serait vain et antiscientifique de choisir un algorithme. Tu ne veux pas faire de l'art, tu veux te contenter de faits alors, n'as tu pas encore compris que le mieux est de ne pas faire d'interpolation?
Et donc d'utiliser la transformation 1 pixel donne un pavé

Entièrement (100%) d'accord avec toi !
Je te rappelle que c'est toi qui voulais l' "original" pour faire du traitement d'image et tu me dis maintenant, que choisir un algorithme est anti-scientifique.
Alors tu voulais traiter les images sans utiliser d'algorithmes?
Y a un autre truc !

Je crois que tu es un peu perdu.
Je n'ai pas dit qu'il ne fallait pas utiliser d'algorithme mais la chose suivante:
Pourquoi choisir l'un par rapport à l'autre si on ne connait pas comment il fonctionne (ou à quoi il sert)!
Et j'ai rajouté: on ne fait pas de l'art.
Dans la démarche artistique, on part de la réalité pour lui donner une touche personnelle. On interprète la réalité pour lui donner un peu de son âme ou pour faire passer un message. C'est une forme de communication.
Bien entendu, dans la démarche scientifique, ce n'est pas le but recherché.
Si nous faisons une photomicrographie et en plus qu'elle dégage une sensation, qu'elle exprime quelque chose pour le lecteur, c'est un plus involontaire et non le but recherché.

Je ne suis pas contre la microscopie pratiquée dans un but artistique, c'est toujours de la microscopie, mais dans ce cas qu'on annonce la couleur !
Il n'est pas question de torturer n'importe comment une image et de faire croire que c'est le pur reflet de la réalité en nous cachant qu'elle a subi des traitement volontaires dans un but précis.

Les protocoles que nous sommes entrain (enfin) d'élaborer, auront pour but de clarifier le débat et de permettre que ces deux aspects de la microscopie puissent s'exprimer sans confusion et sans conflits.

Je ne cache pas que je préfère la microscopie scientifique, mais cela ne m'empêche pas d'admirer la microscopie contemplative, mais de grâce ne mélangeons pas tout!
Et je dis cela depuis la création du forum et le pense depuis bien plus longtemps encore!!

Pour revenir à nos algorithmes, je propose qu'on n'emploie plus ce mot à tort et à travers!
L'algorithme est un terme savant pour dire une chose très simple !

Si nous étions en cuisine nous dirions recette ! Si bien que chaque fois que nous voyons ce mot, nous pouvons le remplacer par recette sans en changer le sens !

En programmation l'algorithme est une construction qui décrit le fonctionnement d'un programme.
Tout programme peut être décrit par un algorithme et il peut y avoir des algorithmes dans des algorithmes comme il y a des sous programmes dans les programmes.

Certes nos options de traitement d'image (Bi-cubique,bilinéaire etc) utilisent des algorithmes, mais avant tout ces algorithmes ont une fonction de filtre!
S'interdire des algorithmes comme tu le dis sous prétexte que ce n'est pas scientifique, est un peu trop réducteur.
"Mais bon sang, il serait vain et antiscientifique de choisir un algorithme" dis tu ?
Il vaudrait mieux parler dans ce cas, de filtres car le fait de les utiliser ou non constitue en lui même un algorithme.

Cordialement.
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#56 adn25fr

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    Purgatorius

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Posté 26 juin 2010 - 03:41

J'ai reconnu que mon agrandissement avait subi une interpolation involontaire !
Que te faut-il de plus?

Que tes nouvelles affirmations soient en phase avec ce que je crois.
Mais dans le cas présent, Je me contente de ton

Entièrement (100%) d'accord avec toi !

du début. je laisser tomber la fin du message qui me semble hors sujet.
(le choix d'une méthode d'agrandissement est inutile car l'agrandissement ne peut apporter de nouvelles informations; cf messages précédants.)

Et je relance ma question de vendredi 25 dans le post 35573:

J'espère que tu va pouvoir maintenant reprendre tes explications sur la photo de Jean...


  • 0

#57 †Peynichou.Jean

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Posté 29 juillet 2010 - 10:07

Bonjour à toutes et à tous,
Pour augmenter la précision des recherches, je vous envoie ma dernière photo, on commence a voir quelque chose.
Amitiés.
Jean Peynichou

Image(s) jointe(s)

  • AMPHIPLEURA PELLUCIDA   510  X PI 160 x ON=1,40 Leitz Oel fond noir 1,40 BRUNEL DCM900 modifiée  28072010-1 copier.jpg

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#58 †Peynichou.Jean

†Peynichou.Jean

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Posté 02 août 2010 - 01:49

Bonjour à toutes et à tous,
Je viens de recevoir une lame de KEMP, le médium est du REALGAR, l'indice de réfraction est de 1,90, les résultats sont mieux que ceux que j'avais obtenu précédamment.
Amitiés.
Jean Peynichou

Image(s) jointe(s)

  • AMPHIPLEURA PELLUCIDA   519  X PI 160 x ON=1,40 Leitz Oel Revolver 1,25 fond noir 1,40 KEMP DCM900 modifiée  30072010.jpg

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#59 †Peynichou.Jean

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Posté 03 août 2010 - 01:00

Bonjour à toutes et à tous,
Je vous envoie une autre photo, on peut mieux voir les perles.
Amitiés.
Jean Peynichou

Image(s) jointe(s)

  • AMPHIPLEURA_PELLUCIDA-5.jpg

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#60 †Peynichou.Jean

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Posté 08 septembre 2010 - 12:47

Bonjour à toutes et à tous,
Le problème des tests est assez peu valable , je vous envoie une vue qui est pres de la fin de l'observation optique.
Réfléchissez et observer.
Amitiés.
Jean Peynichou

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  • MELOSIRA_POLARIS_GRUNOW-2.jpg

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#61 Michel

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Posté 08 septembre 2010 - 04:02

Cher Jean, et salut à tous,

Bravo pour ta persévérance dans ces tests difficiles.

Tu nous dis, "Réfléchissez et observez "

J'ai beaucoup observé et j'en ai tiré peu de conclusions.
A mon avis,l'observation de tes images est un problème de spécialiste et je ne le suis pas.

Mais j'ai encore plus réfléchi et je crois que çà, je sais bien le faire, même si mes conclusions ne plaisent pas toujours à certains.
- Mes réflexions donc, je les ai commencées dans ce post même, mais, il faut reconnaitre qu'une certaine "obstruction" ne m'a pas permis d'aller jusqu'au bout de ma pensée.
J'ai donc adopté une autre voie.

Le problème des tests est assez peu valable

Je te rejoins totalement sur ce point, si je t'ai bien compris, il y a tellement de paramètres à maitriser dans ce genre de tests que le plus souvent, seul l'aspect subjectif domine et cela est loin de me satisfaire.
C'est pour cette raison que j'ai développé une série d'outils qui devraient clarifier cette situation.
(Encore un peu de patience mais je n'ai pas eu beaucoup de réponses concernant les moyens de prise de vue dont vous disposez .*

je vous envoie une vue qui est pres de la fin de l'observation optique

Entends-tu par là que tu as fait le tour du sujet ou que tu abandonnes ce genre de test?



Mais pour mieux comprendre tes clichés, il faudrait que je sache ce que veut dire :

Photo: DCM900 modifiée
Veux-tu dire que tu as enlevé l'optique de la camera ?
Je n'ai pas calculé les conséquences de cette modification (si c'est bien cela dont tu parles) sur la résolution finale, mais si j'ai bien compris, tu y trouves un avantage.

Si quelqu'un peut me répondre sur cette autre mention cabalistique :

* R = 1 : 4,7 qui suit la mention précédente ?
J'avoue que je la vois de temps en temps, mais je ne vois pas beaucoup à quoi elle peut bien correspondre et quelle est son utilité.

- Pour revenir dans des généralités, je trouve que tes essais sont très utiles et même s'il y a peu de réponses et de commentaires, ils restent pour moi d'un grand intérêt.

Amitiés.

En ce qui concerne tes cameras, Jean j'ai ce qu'il faut comme documentation sauf les caractéristiques des lentilles que tu enlèves et il serait bon d'en mesurer les caractéristiques )
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#62 Michel

Michel

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Posté 09 septembre 2010 - 09:07

J'ai séparé les réponses suivant ce dernier message ici
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#63 †Peynichou.Jean

†Peynichou.Jean

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Posté 10 octobre 2010 - 12:49

Bonjour Michel et bonjour à tous,
Pour revenir à des choses tres terre à terre, lorsque j'écris DCM900 modifiée cela veut dire je n'utilise que le capteur, toutes les optiques ont été retirées, l'image obtenue est a peu pres quatre fois plus grande, cela permet aussi de chercher la bonne solution, je vous envoie une image d'une diatomée qui est considérée comme difficile, ma méthode de travail est simpe je cherche l'objetif qui convient lemieux et je fait une photi, quelquefois le résultat est bon.
Amitiés.
Jean Peynichou

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  • FRUSTULIA_RHOMBOIDIA_var_SAXONICA.jpg

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#64 Michel

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Posté 10 octobre 2010 - 03:13

Bonjour Jean,

Encore une belle photo (dans le sens de la résolution).

Personnellement , te connaissant bien, je sais ce que veut dire camera modifiée, mais je me mets à la place d'un lecteur standard qui rencontre les inscriptions du cartouche.

Tout comme le R, certaines inscriptions peuvent paraître obscures pour les non initiés.
Ne pourrais-tu pas mettre camera sans l'optique ou capteur brut ? Ce n'est qu'une suggestion !
Bien sûr chacun est le maître à bord de son bateau! :)

Sur ta photo, on peut observer que les tâches qui sont en dehors de la diatomée et défocalisées comportent une aigrette en forme de coma (comète!) ne serait-ce pas le signe d'un éclairage oblique?

En tout cas, une fois de plus, tu nous montre du beau travail!

Amitiés.
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#65 †Peynichou.Jean

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Posté 10 octobre 2010 - 07:53

BONSOIR MICHEL,
L'éclairage était normal une LED de 1 watts, pour avoir une bonne représentaton il faut être tres patient, ce n'est jamaisla premiers photo qui est la bonne, je t'envoie la derniiére de la journée.
Amitiés.
Jean Peynichou

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  • STEPHANODISCUS_NIAGARAE.jpg

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#66 adn25fr

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Posté 10 octobre 2010 - 08:39

Bonsoir,
je n'ai pas eu l'occasion de dire à Jean Peynichou combien je trouvais son image de Frustulia rhomboïdes var. saxonica remarquable lorsque je l'ai vue pour la première fois. C'est chose faite sur ce forum.

C'est un test presque aussi exigeant qu'Amphipleura pellucida.

Le "guillochage" qui la caractérise n'apparait qu'aux très grandes ouvertures (il suffit de fermer le diaphragme à peine pour voir disparaitre tout détail du milieu de la frustule).

Un éclairage oblique permet de pallier à un défaut d'ouverture, mais il est très amusant de constater que son orientation compte beaucoup: venant dans la longueur, on croira voir des stries transversales; de coté, il fera apparaitre des stries longitudinales; il faut donc être entre les 2 axes principaux pour mettre en valeur les "ponctuations".

Pour la méthode de travail, pour ces sujets, il faut privilègier l'ouverture numérique la plus élevée d'un objectif de grossissement compatible avec la couverture du sujet. Ici 1,4 s'imposait . Avec cette mic-cam le sujet n'est pas couvert mais il aurait été possible de prendre un 2e cliché pour avoir la diatomée complète en mosaïque (une autre solution implique d'utiliser un objectif de mème ouverture, mais de plus faible grossissement comme un 60x 1,4 pour couvrir le sujet; une dernière serait de mettre une lentille intermédiaire réductrice)

Je suis comme mPx, je soupçonne un éclairage oblique aussi?

Mais encore bravo!

Egalement pour le Stephanodiscus qui a été photographié avec un objectif adapté au champ de la caméra!
Cette valeur intermédiaire de 80x ne doit pas être courante? (elle n'existe pas chez Olympus; on peut toutefois la remplacer par l'association d'un changeur de grossissement de 1,25x avec un 60x pour atteindre le but de la bonne couverture avec petit capteur.)
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#67 Michel

Michel

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Posté 11 octobre 2010 - 07:47

Bonjour à tous,

Ce qui m'a fait dire que l'éclairage était oblique est le phénomène de diffraction que l'on observe sous forme d'aigrettes.
Ces aigrettes que l'on peut assimiler à des tâches d'Airy, montrent une très forte dyssimétrie et de plus cette dissymétrie nous montre la direction du faisceau d'éclairage.

Cette constatation est appuyée par la remarque de Daniel:
"il est très amusant de constater que son orientation compte beaucoup: venant dans la longueur, on croira voir des stries transversales; de coté, il fera apparaitre des stries longitudinales; il faut donc être entre les 2 axes principaux pour mettre en valeur les "ponctuations""
J'ai déplacé deux de ces aigrettes (rectangle bleu) pour laisser intacts les originaux et tracé des lignes.
Axe de la diatomée, direction de l'éclairage et alignement des "perles".
Tout cela semble cohérent.

Diato.jpg



"Il est amusant de constater" :
- "Eclairage dans le sens de la longueur" : on croira voir des stries transversales --> artéfact donc.
- "Eclairage de côté" :stries longitudinales --> artéfact donc.
- "entre les deux axes" on croira voir des ponctuations.

Dans ce cas, tout se passe comme si les deux artéfacts se neutralisaient !

Cordialement.

Je voudrais ajouter qu'en microscopie électronique, l'étude des structures cristallines examinées avec la technique de Diffraction aux rayons X permet de calculer les angles et de reconstituer en 3D l'arrangement moléculaire et atomique de ces cristaux.

Voir un exemple spectaculaire ICI
  • 0

#68 †Peynichou.Jean

†Peynichou.Jean

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Posté 11 octobre 2010 - 03:03

Bonjour à toutes et a tous,
Merci à Daniel et à Michel, mais je n'ai pas utiliser d'éclairage oblique, je viens de faire une photo d'une diatomée classique je vous laisse la regarder mais je pense, à tord ou à raison, que la caméra est la seule raison d'avoir de bonnes photos.
Amitiés.
Jean Peynichou

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  • EPITHEMIA TURGIDA 28 Planapo 63 x ON=1,40  Zeiss Oel préparation de FRANCHINI WALTER provenance TERRE BONNE DCM900 11010010 copier.jpg

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