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Eléments de mycologie microscopique 5


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7 réponses à ce sujet

#1 jmaffert

jmaffert

    Batracien

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Posté 05 mai 2014 - 03:34

Chapitre 5  Les hyphes

 

 

Les hyphes sont des filaments qui constituent la structure (la chair) du champignon. Leur diamètre va de 2-3 à une dizaine de microns de diamètre, rarement plus. Il est difficile d’en apprécier la longueur.

Elles peuvent être à paroi mince ou épaisse, cloisonnées ou non, fréquemment branchues ou non.

 

Il peut y avoir différents types d’hyphes dans la chair d’un champignon.

 

Les hyphes se différencient dans l’hymenium (voir chapitre 2) et dans la cuticule (partie extérieure, en général supérieure du champignon).

 

  1. Cloisons

Une caractéristique particulière des cloisons est la présence éventuelle de « boucles », plus scientifiquement « anses d’anastomose », apparaissant lors de la division cellulaire au cours de la croissance de l’hyphe. Elles peuvent être présentes ou absentes chez des espèces ou des groupes proches. La détection de leur présence est donc souvent utile comme aide à la détermination. Elles peuvent être rares et leur recherche, comme la décision qu’une espèce n’est pas bouclée, peut nécessiter l’examen de nombreuses cloisons des hyphes de la chair et de la cuticule.

 

pas boucles.jpg

Hyphes non bouclées aux cloisons

 

boucles occas.jpg

Hyphes bouclées occasionnellement

 

boucles partout.jpg

Hyphes bouclées à toutes les cloisons

 

etrangl.jpg

Hyphes étranglées aux cloisons

 

Coprinus_lagopus 2.jpg

Hyphes simples de Coprinus lagopus

 

  1. Coloration et ornementation

La plupart des hyphes sont incolores et nécessitent une coloration. Le rouge Congo ammoniacal est excellent dans de nombreux cas et colore bien la paroi des hyphes. On peut bien sûr utiliser aussi contraste de phase et contraste interférentiel, sans coloration, si la coupe est bien fine. Pour observer les hyphes de la chair, on peut prélever un petit fragment et le mettre entre lame et lamelle ou entre deux lames et le dissocier en frappant avec une gomme ou autre objet pas trop dur.

Certaines hyphes sont cependant naturellement colorées. Il importe alors de les observer dans un liquide transparent pour voir où se situe la coloration.

 

pigments.jpg

Emplacement de la pigmentation

 

Pores 1.jpg Pores 2.jpg

Hyphes perforées d’une vesse-de-loup.

Les perforations ne font que quelques dixièmes de µm de diamètre (Objectifs 100x fond clair et DIC). On voit également une cloison simple.

 

  1. Hyphes de la trame des lames

Dans les champignons à lame on appelle médiostrate ou plus couramment « trame » la chair du champignon qui est la structure de la lame et se situe entre les deux couches d’hymenium. Dans une coupe de lame, telle que décrite au chapitre 2, on peut observer, avec un grossissement de 200 (20 x 10 par exemple) la structure de cette trame. On peut trouver les cas présentés ci-dessous :

 

Trame.jpg

Trame des lames

 

 

Dans la pratique, ce n’est pas une observation très utile pour séparer des espèces voisines, qui ont la même structure. Cela peut servir à séparer des groupes, mais qui ont en général d’autres caractères distinctifs.

 

  1. Cuticule

La cuticule, qui est le revêtement du chapeau du champignon présente des hyphes souvent différenciées de la chair.

Il est très important d’observer la cuticule. Deux axes de coupe sont possibles. On peut facilement réaliser un scalp, c’est à dire une coupe fine tangentielle (petit, de l’ordre du mm2). Cela sépare une petite parcelle dont les bords sont très minces et transparents. Si possible repérer dans quel sens est posé le fragment sur la lame, cela facilite l’interprétation ! L’observation du scalp permet de voir si la structure de la cuticule est filamenteuse ou celluleuse. Cela suffit souvent.

 

filament.jpg

Cuticule filamenteuse

 

celluleux.jpg

Cuticule celluleuse

 

Pour l’analyse plus fine d’une cuticule celluleuse et en distinguer les différents sous-types, il faut faire une coupe perpendiculaire à la cuticule, analogue à la coupe présentée dans le chapitre 2, mais en s’attachant à ce que la partie cuticule soit fine et propre (il est extrêmement difficile d’avoir simultanément une bonne coupe des lames et de la cuticule (sauf techniques type microtome…)).

 

Quelques exemples de cuticule :

 

Laccaria fraterna cuticule.jpg

Laccaria fraterna

Cuticule formée de filaments dressés, aussi appelé trichoderme. On voit une boucle sur une des cloisons.



Mycena_vitilis 1.jpg

Mycena vitilis

Les hyphes de la cuticule filamenteuse couchée sont ornés de diverticules (1µm max de diamètre). Ces hyphes sont qualifiées de « en brosse ». Objectif 100x.

 

Oudemansiella_mucida 1.jpg

Oudemansiella mucida

Cuticule hyméniforme, complètement dissociée.

 

Pholiotina_velata 2.jpg

Pholiotina velata

Transition entre celluleux et hymeniforme.

 

Pluteus_boudieri 2.jpg

Pluteus boudieri

Trichoderme à grosses cellules allongées



Pluteus_nanus 1.jpg

Pluteus nanus

Revêtement celluleux

 

Pluteus_umbrosus5.jpg

Pluteus umbrosus

Trichoderme typique.

 

Photos prises avec 40x ou 100x

 

 

Ce dernier chapitre termine cette introduction à la mycologie microscopique qui avait pour but de donner quelques pistes à des mycologues débutants. Le sujet est évidemment beaucoup plus vaste et nécessite des ouvrages spécialisés (Méthodes de préparation et de coloration) si on veut aller plus loin. Les méthodes diffèrent d’ailleurs selon les groupes de champignons que l’on veut étudier.

On peut trouver des sites très intéressants sur Internet. Vous pouvez aussi me poser des questions, bien que je n'ai pas réponse à tout :rolleyes: !

 

En admirant les photos publiées sur le forum, je vois que j’ai beaucoup à faire pour améliorer la qualité des images. Je vais m’y mettre quand la saison sera propice. Je dois avouer que je suis surtout intéressé par la détermination des champignons, la microscopie n’étant un qu’un moyen, indispensable. Par ailleurs presque toujours travailler à la limite de la diffraction n’aide pas à faire des photos bien nettes !

 

Amicalement

 

 

 


  • 0

#2 Jean Marie Cavanihac

Jean Marie Cavanihac

    AUTEUR-MODERATEUR

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Posté 05 mai 2014 - 05:54

Bonjour,

 

merci beaucoup pour ce beau travail  qui mets en lumière des aspects de la mycologie que nous ne maitrisions pas toujours et qui nous serons précieux dans de futures observations

 

amitiés,

JMC


  • 0

#3 Dominique.

Dominique.

    Invertébré

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  • 325 messages

Posté 05 mai 2014 - 08:38

Bonsoir  Jmaffert

 

Ta présentation de ce 5 éme chapitre  est  excellente  car  très accessible   , très  pédagogique (comme pour    les   chapitres précédents)

 Par contre  à chaque photo    je me demande quel  type de coloration  tu  as utilisé :   le fond  vert/ bleu  fait penser que tu uses  à chaque fois  de l éclairage  en  CID ?

 

Amicalement

                        Dominique


  • 0

#4 jmaffert

jmaffert

    Batracien

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Posté 06 mai 2014 - 08:06

Bonsoir Dominique,

les couleurs ne sont pas stables car j'utilise souvent une fonction automatique de correction du blanc qui a tendance à atténuer la couleur dominante. Cette correction ne peut pas bien marcher en l'absence de zones blanches. Comme je colore souvent les objets en rouge, la correction a tendance à faire disparaître le rouge s'il y a beaucoup d'objets rouges dans l'image. S'il y a peu d'objets et beaucoup de fond la correction va avoir tendance à rendre la couleur de l'éclairage grise (neutre). Comme je ne lance pas cette correction chaque fois que je prends une photo, il y a ces grandes variations dans les couleurs dominantes !

 

Comme ce qui compte essentiellement c'est le contraste et la vision des détails, je ne me soucie guère de la couleur.

 

Ceci dit j'ai deux éclairages sur mon microscope : lampe quartz et diode blanche froide que je peux basculer facilement et les photos ci-dessus ont été prises avec l'un ou l'autre éclairage, mais sans effort pour un bon rendu des couleurs. Dans ce chapitre, la seule photo prise en contraste interférentiel est la photo avec fond d'un rose soutenu tentant de mettre en évidence les perforations microscopiques (c'est le cas de le dire !) des hyphes de la vesse de loup. Cette tonalité rose intense est due à l'utilisation d'une lame quart d'onde au-dessus du polariseur (sous le premier Wollaston) et je n'ai pas utilisé la fonction correction du blanc de ma caméra. Toutes les autres photos sont du fond clair avec une correction colorimétrique de la caméra un peu aléatoire...

Pour homogénéiser les images entre elles, je pourrais viser une zone vide de la préparation, lancer la correction de blanc qui rendra mon éclairage et la couleur du liquide de la préparation "blanc", c'est à dire gris, puis mettre mon objet dans le champ et prendre la photo. Autre solution que je peux essayer : annuler toutes les corrections colorimétriques de la caméra pour prendre une photo "naturelle" puis améliorer la photo avec un logiciel adéquat.

 

Amicalement

 

Jérôme


  • 0

#5 vasselle

vasselle

    Invertébré

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Posté 06 mai 2014 - 11:52

Bonjour 

Joli travail merci

Cordialement Seb


  • 0

#6 Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

    Reptile

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  • 672 messages

Posté 07 mai 2014 - 07:15

Bonjour Jérôme,

Félicitations pour ce travail qui a nécessité pas mal de temps je suppose !
Il faudrait réunir ces chapitres dans un seul article.

Cordialement,
Picroformol
  • 0

#7 jmaffert

jmaffert

    Batracien

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  • 571 messages

Posté 07 mai 2014 - 11:51

Effectivement, je vais tout rassembler en un fichier, soigner un peu la mise en page et cela fera un article du magazine.

 

Cordialement


  • 0

#8 Claude Brezisky

Claude Brezisky

    Reptile

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  • 635 messages

Posté 07 mai 2014 - 05:46

Bonjour Jerome,

Tu as la chance d'observer des sujets immobiles donc tu as le temps, dés lors, au lieu de passer par la balance des blancs, tu peux directement agir sur les couleurs en passant par le logiciel de la camera en ajustant ce que tu vois à l'écran avec ce tu vois directement aux oculaires.

Les réglages varient malheureusement d'un objectif à l'autre, d'une lame à l'autre et est directement lié aussi au réglage du condenseur (hauteur et diaphragme) et de lumière (reglage intensité, diaphragme de champ).

D'autre part, un réglage parfait aux oculaires ne donne pas un réglage parfait à la caméra, il faut donc adapter tout ça à son but final (observation ou photo ou film).

Il est bien sur possible de rectifier avec photoshop ou autre, mais meilleure est la photo de départ, meilleur est le résultat.

En tous cas bravo pour ton sujet qui est parfaitement réalisé.

Cordialement

Claude


  • 0




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