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Photo
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Copépode


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16 réponses à ce sujet

#1 beruco

beruco

    Nucléotide

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Posté 21 décembre 2014 - 10:24

Bonjour,

Voici une photo d'un copépode provenant d'un étang.  J'ignore s'il est possible d'identifier l'espèce.  La photo résulte de la fusion de plusieurs photos prisent avec un objectif 10X sur plusieurs plans focaux puis fusionnées à l'aide du logiciel Autostitch.  L'objectif étant d'obtenir une grande profondeur de champ. L'image à ensuite été rétravaillée sous Photoshop CS4.  J'airais pu réaliser la fusion sous photoshop mais certaines photos posaient un problème de fusion.
Outre le copépode, on observe également de choanocytes, certains me reprendront si je me trompe.

Copepode 800k.jpg


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#2 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 21 décembre 2014 - 10:50

Bonjour beruco,

 

A mon avis (incompétent) il s'agirait d'une jeune femelle cyclope.

 

Amicalement.


  • 0

#3 beruco

beruco

    Nucléotide

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Posté 21 décembre 2014 - 11:32

Vous êtes certainement plus compétent que moi dans ce domaine. :)  Question naïve, à quoi reconnaît-on les cyclopes ?


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#4 savant Cosinus

savant Cosinus

    Homo sapiens microscopicus

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Posté 22 décembre 2014 - 09:57

Bonjour beruco,

 Il est très difficile de répondre à ce genre de question car la réponse n'est pas simple.

  :) ... je serais tenté de répondre qu'ils ont des lunettes particuliaires... :) !

 Plus sérieusement tu poses le problème de la détermination ... par un débutant je suppose. Je crois que dans le plaisir de notre hobby il y a aussi le plaisir de la recherche... et la satisfaction d'arriver au résultat.

 La documentation pour y parvenir se trouve dans les livres, mais il y en a beaucoup, on ne sait pas lesquels acheter, ni où. De plus les livres s'adressent souvent à des spécialistes et sont hermétiques au néophyte.

 Heureusement il y a le net qui permet d'avoir des tas d'images (au début c'est la comparaison d'image qui est le plus utilisable).

- les forums évidemment et ici, si tu tapes la recherche "cyclope" dans la rubrique crustacés tu auras des réponses.

- Google donne des tas de réponses pour "cyclope" et taper "plus d'images" est très instructif

... et de liens en liens, on trouve beaucoup de documentation ( se méfier quand même et ne pas tout prendre pour argent comptant).

Bonnes recherches, cordialement.

Cosinus

 

P.S. je suis désolé, je pense que tu es débutant... ?  un passage par la rubrique "présentation" nous aiderait.


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#5 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 22 décembre 2014 - 11:02

Bonjour beruco,

 

Sans vouloir faire de l'humour, car c'est la vérité, le nom Cyclope donné à ces crustacés vient du fait qu'ils n'ont qu'un oeil, tout simplement!

Ensuite, quand on en a vu un, on les a tous vus (comme les Chinois dit-on, mais en fait ce n'est pas vrai  :) )

La seule différence entre les mêmes et les femelles est que les femelles portent deux grands sacs d’œufs, ce qui m'a fait dire que c'était une femelle jeune...

 

post-88-1204059172.jpg

Voici une Cyclope avec ses deux sacs à oeufs et son oeil unique.

 

Amicalement.


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#6 Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

    Purgatorius

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Posté 22 décembre 2014 - 03:00

Bonjour bureco,

Ta photo est bien réussie car ,dans ce cas, les hautes lumières sont difficiles à maitrisées.
Quel éclairage as tu utilisé : fond noir, éclairage par dessus?
Petite remarque: il manque un peu de netteté dans la partie haute de la carapace ?
Cordialement,
JL
  • 0

#7 beruco

beruco

    Nucléotide

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Posté 23 décembre 2014 - 06:14

P.S. je suis désolé, je pense que tu es débutant... ?  un passage par la rubrique "présentation" nous aiderait.

Bonjour Cosinus,
Je suis effectivement novice concernant l'identification du plancton, ceci dit, et un passage préliminaire par la rubrique "présentation" vous aurez évité cette remarque ;-), je suis chercheur en microbiologie donc pas si débutant que vous le supposé.



Quel éclairage as tu utilisé : fond noir, éclairage par dessus?

J'ai utilisé un contraste de phase.


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#8 beruco

beruco

    Nucléotide

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Posté 23 décembre 2014 - 06:33

Si ce n'était pas par hobby mais dans un cadre de recherche j'identifierait l'espèce par biologie moléculaire en séquençant la région intergénique ITS1 et ITS2 de l'ADN ribosomique et la sous unité I de la cytochrome C oxidase.  C'est une méthode classique que nous utilisons largement de notre laboratoire.  Cependant, je n'utiliserai pas cette technique qui est un peu coûteuse pour un hobby.


  • 0

#9 Jean-Marc Babalian

Jean-Marc Babalian

    Homo sapiens microscopicus

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  • 1 865 messages

Posté 23 décembre 2014 - 09:13

Bonjour et bienvenue,

 

Je rebondis juste sur votre belle photo, ce qui m'étonne c'est que cela soit du contraste de phase, cela ne donne pas ce type d'éclairage d'habitude, ce n'est d’ailleurs pas du tout conseillé pour des animaux avec une grosse épaisseur (profondeur de champs) et aussi contrastés en couleur.

 

A+

 

JM


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#10 savant Cosinus

savant Cosinus

    Homo sapiens microscopicus

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Posté 23 décembre 2014 - 09:23

Je suis désolé, je n'ai pas fait le lien entre "présentation de Bertrand" et beruco... mea culpa -_-  je retire tout ce j'ai dit...

Cordialement

Cosinus.


  • 0

#11 Jean Marie Cavanihac

Jean Marie Cavanihac

    AUTEUR-MODERATEUR

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Posté 23 décembre 2014 - 09:38

Bonjour,

 

jolie image (fond noir ??). Je pense par contre que les petits copains collés sur le copépode sont des peritriches (on trouve aussi des vorticelles de temps en temps ) !

 

Amitiés,

JMC


  • 0

#12 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 23 décembre 2014 - 11:54

Bonjour Bertrand,

à l'aide du logiciel Autostitch. L'objectif étant d'obtenir une grande profondeur de champ.


Je n'ai pas ce logiciel, mais, il me semblait qu'il sert à assembler les images pour augmenter le champ et non empiler des images pour augmenter la profondeur de champ.

Eclairez -moi, je suis dans le (fond) noir total :) .

Amicalement.
  • 0

#13 pablito

pablito

    Homo sapiens microscopicus

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Posté 23 décembre 2014 - 09:46

oui, tryphon, tu as raison.

 

J'ai utilisé autostitch, autopano et photomerge pour assembler des photos de panorama dans un livre en 2011 ("patchwork panoramique")

autostitch est le plus facile d'accès, mais les raccord ne sont pas parfaits. Autopano dans sa version pro est idéal, mais un peu plus complexe.

Photomerge (adobe, inclus dans photoshop éléments) est un bon compromis dans 80% des cas.

 

cela n'a rien à voir avec les logiciel de stacking comme helicon ou autres

cela permet, à partir d'une séquence de 10 photos en déplacement, de faire cela très simplement : 

(assemblage sous autostitch, chutes d'iguaçu, Brésil) : 

 

pano chute 2_V9.jpg

 

Pierre


  • 0

#14 beruco

beruco

    Nucléotide

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Posté 24 décembre 2014 - 05:54

Autostich permet effectivement d'assembler des photos pour en faire un panoramique mais pas uniquement, il permet également d'augmenter la profondeur de champ.  Photomerge sous photoshop permet également les deux options.  



Je pense par contre que les petits copains collés sur le copépode sont des peritriches (on trouve aussi des vorticelles de temps en temps ) !

 

Merci pour l'info.


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#15 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 24 décembre 2014 - 10:00

Bonjour à tous,

 

Je viens de tester Autostich, il assemble bien les images séparées d'un même panorama (c'est son but) , et il assemble aussi deux (ou plusieurs) images identiques, pourquoi ne saurait-il pas le faire ?

Mais il ne me semble pas qu'il fasse de la déconvolution, autrement dit, il ne fait que superposer les images, enfin, c'est ce que je crois.

 

Amicalement.


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#16 beruco

beruco

    Nucléotide

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Posté 24 décembre 2014 - 10:47

En effet, ni Autostitch ni Photoshop ne font de la déconvolution, ils se limitent à sélectionner les parties nettes des différents plans à fusionner.  Je n'ai pas fait de déconvolution sur cette image.  Pour la déconvolution j'utilise FIJI avec les plugins PSF generator et Iterative Deconvolution.  


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#17 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 24 décembre 2014 - 11:17

Ce que tu dis est très intéressant, je vais creuser la question.

 

Amicalement.


  • 0




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