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Closterium ehrenbergii - limites de la technique du stacking


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8 réponses à ce sujet

#1 pablito

pablito

    Homo sapiens microscopicus

  • Co.Admin
  • 1 279 messages

Posté 25 août 2015 - 10:06

Bonjour,

 

Desmidée du jour. Closterium ehrenbergii se distingue de closterium monilifera par ses chloroplastes, qui ne sont pas alignés.

L'identification est donc assez aisée, même si mes exemplaires (environ 320-340 microns) sont un peu petits par rapport à la moyenne décrite dans la litterrature.

 

Je vous en donne deux photos, en version DIC et en version lumière polarisée analysée, cette fois à 90 degrés, car cela fait ressortir les chloroplastes de façon intéressante.

Il s'agit ici, pour chaque vue, d'un stacking respectivement de 19 et 17 photos.

 

Closterium ehrenbergii 1_V9.jpg

 

Closterium ehrenbergii 2_V9.jpg

 

Mais je profite de cette desmidée pour ouvrir un débat sur l'intérêt et les limites du stacking en microscopie.

Certes, les images sont parfaitement nettes, et plaisantes. Elles montrent efficacement la desmidée.

Efficacement ? Pas si sûr.

- D'abord, on perd la notion de volume. Cette desmidée est très bombée, on ne le voit plus.

- Ensuite, on perd des détails fondamentaux.

Par exemple la 7ème photo de la pile du DIC contient des informations sur le noyau. Certes, une grande partie de la photo est floue, mais quid du noyau dans le résultat final ?

Autre exemple, les chloroplastes de surface sont bien rendus, mais les chloroplastes internes, plus gros grains plus complexes, ont disparu.

Photos à l'appui pour montrer ce qui manque.

Cordialement, Pierre

 

closterium ehrenbergii 4.jpg

 

closterium ehrenbergii 5_V9.jpg

 

closterium erhenbergii 6_V9.jpg

 

 

 


Modifié par pablito, 25 août 2015 - 10:08 .

  • 0

#2 Jean Marie Cavanihac

Jean Marie Cavanihac

    AUTEUR-MODERATEUR

  • Co-Admin
  • 3 243 messages

Posté 25 août 2015 - 10:33

Bonjour,

 

en effet, le stacking peut flouter des détails intéressants surtout s'ils sont hors du plan de prise de vue ! la solution idéale : vidéo d'une mise au point continue du haut vers le bas de l'objet pour rendre bien tout le volume . On peut aussi utiliser les images de la pile pour en faire une vidéo à postériori mais reste le problème du détail hors plan de prise de vue dans ce dernier cas !

 

Amitiés,

JMC


  • 0

#3 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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  • PipPipPipPipPipPipPipPipPipPip
  • 13 124 messages

Posté 25 août 2015 - 11:10

Bonjour,

 

Eh eh ! Bravo, dans notre forum, il y a des gens qui réfléchissent !

Il y a des gens qui se précipitent (effet de mode : voir les champignons) sur le stacking, (voilà un mot qui fait savant et qui impressionne les profanes) , sur les matériels pilotés par ordinateur, les logiciels spécialisés dans le "stacking" (Celui-ci est meilleur, mais plus cher... tiens tiens), sans essayer un instant de savoir comment çà marche (bien et mal).

 

 Déjà pour faire plus simple, et ainsi intéresser le maximum de gens (tout le monde à le droit de savoir) parlons de piles : faire des piles d'images !

il y un terme français qui existe déjà, puisque c'est la base de la photographie en Microscopie Electronique en Transmission on appelle cela des Séries Focales.!

Disons  Faire des Piles et tout le monde comprendra.

 

Il y a deux aspects à la technique des Piles d'images.

 

1- D'abord, il faut modifier régulièrement la Mise Au Point du microscope (MAP) par pas successifs réguliers . On parlera donc de PAS.

Pour cela on utilisera un dispositif motorisé automatique qui prendra une photo à intervalle régulier.

Ou bien plus simplement comme nous le rappelle Jean-Marie, on filme (les images sont prises automatiquement de manière régulière) en faisant varier manuellement et le plus régulièrement possible (en continu en fait!) la MAP du microscope.

 

2- Ensuite il faut combiner toutes les images prises dans des plans différents pour n'en faire qu'une seule.

Alors on peut utiliser un logiciel dédié qui fait tout automatiquement , et c'est là le problème ! Ou faire cela à la main ! Et ce n'est pas compliqué.

Il suffit d'apprendre les rudiments de la retouche d'image  et faire ce que l'on ferait si on dessinait l'oeil au microscope.

 

 Quand on dessine au microscope, on va faire de l'empilement,  machinalement (c'est une expression, mais en fait on fait cela mieux qu'une machine !)

 On fait varier la MAP et on conserve dans sa mémoire les détails significatifs que l'on va reproduire comme si la profondeur de champ était plus grande.

 (En microscopie les mouvement de la vis micrométrique que l'on fait "machinalement" pour reconstituer le relief, on appelle cela "pomper")

 

Amicalement.


  • 0

#4 Buteo

Buteo

    Invertébré

  • Membre confirmé
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  • 387 messages

Posté 26 août 2015 - 07:41

Bonjour,

 

humble(s) réflexion(s) de ma part :

 

- le stacking est une bonne solution pour "redonner" plus de lisibilité surtout pour les objets plus ou moins opaques

 

- pour ceux qui sont + ou - transparents il me semble préférable de faire plusieurs stacks [en pratiquant le "stacking" on fait un ou plusieurs "stacks", traduction de "pile(s)" ] que l'on propose sous forme de clichés séparés : à l'observateur de se faire une idée de la réalité. En effet vouloir la totalité de l'objet (transparent, je répète) conduit à mettre sur un seul plan ce qui est en volume donc c'est à l'opposé de la rigueur scientifique.

 

- dans certains cas il m'est arrivé de faire des stacks partiels et de compiler ces stacks, la lisibilité du stack final était meilleure à mes yeux que le stacking intégral plus brouillon.

 

En gros le stacking (l'empilement ? ) c'est comme le bourbon : en user intelligemment et avec modération.

 

Z'amitiés,

 

Buteo 


  • 0

#5 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

  • Membre confirmé
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  • 13 124 messages

Posté 26 août 2015 - 08:32

Bonjour Butéo,

 

Merci pour ta réflexion.

 

Proposer plusieurs plans pour le même sujet me parait une solution intéressante, mais attention de ne pas abuser du nombre de clichés identiques (à quelques couleurs près) pour un même sujet.

C'est ce qui me fait émettre des réserves au sujet ses cristaux polarisés. Il suffit de faire varier les réglages et on aura toujours le même sujet avec des couleurs différentes qui n'apporteront RIEN à la science...

Ici , ce n'est pas le même but.

Le but étant de faire voir un sujet avec touts les détails qui permettront de l'identifier. 

Le problème est de savoir quels détails sont importants.

 

Prenons l'exemple d'une Spirogyre dont le chromoplaste cache le noyau.

Il suffit de montrer un premier cliché avec le chloroplaste bien net et un second cliché avec une MAP sur le noyau (ou tout autre élément que l'on veut montrer).

On peut même montrer juste le détail en surimpression sur le cliché principal. (Dans une réserve)

 

 

post-20-1227265315.jpg

 

Ici on voit bien le noyau et on sait très bien qu'a ce grossissement, que quand on fait la MAP sur les Chloroplastes, on ne voit plus le noyau.

 

Donc comme le dit Butéo, la plupart du temps nous travaillons au microscope en transparence !

Il est stupide de vouloir utiliser la techniques des piles, destinée aux objets opaques ( insectes, fleurs) qui montrent l' EXTÉRIEUR des choses avec des objets transparents qui montrent leur intérieur.

Les logiciels d'empilement ne sont pas prévus pour çà !

 

Si l'on ramène dans un même plan net ce qui est dessus et ce qui est dessous il faut faire des efforts immenses pour comprendre ce qu'on voit, si on ne le connait pas déjà.

Laissons le "stacking" aux stackistes ! 

Il est bien plus rapide de montrer un détail inaccessible sur l'image en le rajoutant dans un coin que de se lancer dans une technique à la mode qui n'est pas faite pour çà !

 

Amicalement.


  • 0

#6 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

  • Membre confirmé
  • PipPipPipPipPipPipPipPipPipPip
  • 13 124 messages

Posté 26 août 2015 - 01:47

 

Mais je profite de cette desmidée pour ouvrir un débat sur l'intérêt et les limites du stacking en microscopie.

 

 

Bonjour Pierre,

 

Le mot stacking :

Le stacking, en fait Focus Stacking est un mot anglais qui se traduit bêtement par " empilement de mises au point " (Wikipédia ).

Par paresse, par snobisme, on emploie des mots anglais qui ont leur équivalent en français et cet équivalent, vaut bien, quand il est bien choisi, l'original ! Non? 

La traduction de Wikipedia, jamais utilisée dans la pratique, " empilement de mises au point" est un peu lourde comparée au simple stacking qui lui, se traduit quand on veut faire court par empilement , et en français toujours, le résultat d'un empilement est une pile !  comme une pile d’assiettes par exemple.

Alors si on veut faire court (parce qu'on est avare de sa salive ou parce qu'on est pressé), à mon avis il vaut mieux dire pile que Stacking.

La phrase deviendrait : l'intérêt et les limites des piles en microscopie.

Mais en fait, ici, on ne fait que de la traduction, or il existe déjà un terme en microscopie , comme je l'ai rappelé ici à plusieurs reprises, pour désigner un "empilement de mises au point". Ce procédé est utilisé depuis fort longtemps en microscopie électronique en transmission, car en MET la profondeur de champ est dramatiquement plus réduite qu'en microscopie photonique (MP) , et cela s'appelle faire des "Séries focales" Et tous les MET sont munis d'un bouton qui permet de faire des "séries focales"  

On peut même imaginer si on est amateur de sigles, ESF pour empilement de séries focales.

Maintenant ne croyez surtout pas que le mot stacking me dérange , chacun parle et écrit comme il veut, l'essentiel est que nous nous comprenions. Toutefois, je ferais remarquer que notre pays qui est le plus visité au monde (à vérifier quand même, car quand on a la-plus-belle-avenue-au-monde , on peut avoir des doutes ) nous avons une langue d'une très grande beauté , et que si nous voulons que les petits enfants de nos petits enfants puissent comprendre les écrits que nous leur laisserons, il ne faudrait pas que la majorité de nos mots d'aujourd'hui aient été remplacés pas des mots anglais, arabes ou chinois... Conservons notre patrimoine linguistique dans toute son authenticité. :)

 

La methode :

Elle consiste à faire des séries de photos en modifiant régulièrement la focale (la mise au point) et ensuite à les empiler après fait disparaître les parties floues (hors focale).

Ainsi, seules les parties nettes subsisteront augmentant la profondeur de champ finale.

 

OK, cela marche bien pour un melon !

On ne conservera du melon que des cercles ce plus en plus grands, toujours nets, et la reconstitution donnera un melon net de haut en bas.

Je développerais plus loin, mais en microscopie, on ne photographie pas des melons.

Je ferais remarquer que comme le melon est une quasi sphère, le fameux stacking ne dépassera jamais l'équateur du melon !

Je dirais que cette technique est conçue pour des objets opaques, ne laissant voir que leur surface

 

En microscopie:

Nous sommes des micrographes et nous savons bien que nous n'observons pas des melons (quelquefois certains objets opaques leur sont toutefois assimilables) et que la plupart du temps, les objets sont transparents et que le pouvoir pénétrant du microscope, allié à sa faible profondeur de champ, permet de voir des structures cachées par d'autres structures supérieures ! C'est comme dans un melon, on voyait l'écorce et les pépins, sans l'ouvrir bien sûr ! 

 

Alors les algorithmes conçus pour des melons, ne peuvent pas fonctionner pour des cellules ! En fait, si, ils fonctionnent, mais , c'est comme si on prenait un  tournevis pour écrire ... 

 

Conclusion : (qui n’engage que moi)

 

Le stacking (pour vous faire plaisir !) montre vite ses limites en microscopie, pour la bonne raison que dans 90% des cas, il n'est pas fait pour çà !

 

Alternative :

Tout comme le dessin au microscope qui intègre des détails qui ne sont pas vu en même temps sur les mêmes plans,  il existe la même solution en utilisant les logiciels de retouche d'images .

 

Amicalement.


  • 0

#7 jmaffert

jmaffert

    Batracien

  • Membre confirmé
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  • 587 messages

Posté 26 août 2015 - 02:11

En mycologie, on observe souvent des spores, ce qui, toutes proportions gardées, revient à regarder un melon. Comme c'est la surface qui intéresse, l'empilement permet de voir nettement les ornementations de la spore sur la surface, en vue de dessus pour le centre et en vue de profil sur la circonférence.

Moyennement quoi, je le fais rarement... , principalement par flemme, puis parce que sur une collection de spores, il y en a avec diverses mises au point et ce qu'on voit mal sur une, on le voit sur une autre.

Cordialement

Modifié par jmaffert, 26 août 2015 - 02:12 .

  • 0

#8 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

  • Membre confirmé
  • PipPipPipPipPipPipPipPipPipPip
  • 13 124 messages

Posté 27 août 2015 - 08:18

Bonjour Jérôme,

 

Tu as parfaitement raison, on rencontre des objets microscopiques rentrant dans la catégorie des "melons" et bien sûr on peut leur appliquer le "stacking" avec succès.

 

Mais c'est loin d'être toujours le cas, alors il faut toujours se poser la question de savoir si ce que l'on veut photographier est éligible du "stacking"

 

 

Amicalement.


  • 0

#9 Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

    Reptile

  • Membre Modérateur
  • 695 messages

Posté 31 août 2015 - 04:22

Bonjour,

 

Pour ma part je vois trois aspects à l' empilement d' images:

 

1) Augmenter le rapport Signal/Bruit d' une image; dans ce cas on "additionne" plusieurs images prises exactement dans les mêmes conditions; Cela permet de collecter plus de photons dans le cas ou l' image est peu lumineuse (astronomie, fluorescence)

2) Augmenter la dynamique d' une image; on "additionne" des images avec des temps de pose différents. Cela permet de visualiser des détails noyés dans des zones sombres ou trop claires par exemple pour des insectes ou objets peu transparents.

3) Augmenter la profondeur de champ; on "additionne" des images prises à des plans différents permettant l' augmentation de la profondeur de champ.

 

Je développerais plus tard chaque aspect;

Cordialement,

JL

P.S. j' ai mis le terme addition entre guillemets car en fait on peut faire différentes opérations sur les valeurs des pixels.


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