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Z stacking/focus stacking gratuit en python


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33 réponses à ce sujet

#1 Eildosa

Eildosa

    Procaryote

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Posté 27 juin 2016 - 08:55

Bonjour,
 
j'ai trouver un script python open source qui permet de faire du focus stacking
c'est gratuit et le resultat est bon :D
 
Il vient de la https://github.com/c...ness/focusstack
License Apache 2.0 donc on peut faire ce qu'on veut avec.
 
Bon il va falloir installer python, vous aller surement trouvez ca chiant mais l'avantage
c'est que apres vous pourrez faire tourner plein de script python et je compte bien
coder pas mal de chose.
 
INSTALLATION :
 
Python etant un language interprété, il faut installer l'interpreteur
 
recuperer, python et getpip et les mettre dans le meme dossier (vous pouvez les effacer apres)
 
#installation de python
intaller python-2.7.11.msi (double clic, suivant suivant suivant suivant)
 
ensuite dans la recherche du menu demarer tapez : systeme
dans la fenetre systeme a gauche cliquer sur Paramètre systeme avancée
 
001.png
 
Dans la nouvelle fenetre cliquer sur variable d'environnement 
 
002.png
 
Ajouter une variable nommée PYTHON_HOME et dedans mettre C:\Python27 (les majuscule sont importante)
 
003.png
 
Ensuite ajouter le texte suivant au DEBUT de la variable PATH
(par pitier copier coller ce texte, les majuscule compte et le point virgule a la fin aussi)
%PYTHON_HOME%;%PYTHON_HOME%\Lib;%PYTHON_HOME%\DLLs;%PYTHON_HOME%\Lib\lib-tk;
 
(la capture d'ecran a été faite avant d'ajouter cette ligne au debut du contenu de la variable d'environnement)
 
004.png
 
Vous pouvez maintenant cliquer sur ok partout pour fermer les fenetre. 
 
#installation du gestionnaire de librairie externe
Avec l'explorateur windows aller dans le dossier ou se trouve le script 
get-pip.py (touche windows+E pour ouvrir l'explorateur)
 
005.png
 
ouvrer une fenetre de commande (dans l'explorateur windows maintenez la touche
shift appuyé (en bas a gauche le bouton avec la fleche qui pointe vers le haut)
et faite un clic droit, selectionnez "Ouvrir une fenetre de commande ici")
 
puis tapez : python get-pip.py
 
Appuyer sur entrée, pip s'installe.
 
#Recuperation des librairie externe
ouvrir une fenetre de commande dans n'importe quel dossier et tapez :
pip install numpy
laisser numpy s'installer.
 
#Installation de la librairie openCv (non disponible sur pip)
et le placer dans C:\Python27\Lib\site-packages
 
Et voila, c'etait pas compliqué :P
 
UTILISATION :
 
Le script maintenant, telecharger ça et mettez le la ou vous voulez
 
L'extraire avec clic droit>extraire ici
 
mettre les photo a stacker dans le dossier "input"
dans le dossier qui contient main.py ouvrir une fenetre de commande
(shift+clic droit et "Ouvrir une fenetre de commande ici")
et tapez : python main.py
 
voila, une fois la fusion terminée un fichier nommée merged.jpg apparait a coté
de main.py
 
ps : si vous avez des problème, merci de m'indiquer votre systeme d'exploitation (windows 7, 8.1, 32 ou 64 bit) et de me donner
une capture d'ecran de l'erreur que vous avez dans la console si il y en as (j'ai peu etre oublier l'installation d'une librairie externe
car j'ai ai enormement d'installé sur mon pc)
 
Ou si quelque chose vous semble obscur pour l'installation je mettrais a jours ce post.
 

 


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#2 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 28 juin 2016 - 08:13

Bonjour Eildosa,

 

 

j'ai trouver un script python open source qui permet de faire du focus stacking

c'est gratuit et le resultat est bon  :D

 

Mikroscopia est ouvert à beaucoup de disciplines qui "tournent" autour du microscope et l'informatique en fait partie.

Mais là on entre directement dans l'installation de Python sans trop savoir ce qu'on va pouvoir en faire.

Faire du focus stacking (en open source avec un script python ) évoque beaucoup de choses pour moi, mais peut être pas pour tous.

D'un autre côté, il existe des dizaines de programmes qui font cela. 

Alors, il faudrait expliquer l'intérêt de la chose.

 

Amicalement.

 


  • 0

#3 Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

    Purgatorius

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Posté 28 juin 2016 - 09:35

Bonjour Eildosa,

 

Info intéressante d' autant plus que je m' essaye à Python 3.4 sur macosx depuis quelques temps.

J' ai en tête un projet (un peu fou) d' écrire un programme en Python pour la manipulation d' image orienté microscopie un peu comme l' excellent programme "iris" pour l' astronomie qui ne tourne que sous windows (ou sur mac avec bottle wine).

Cependant il faut expliquer que Python est un language populaire, simple et très puissant (windows, mac, linux) avec de nombreuses librairies scientifiques et des modules spécifiques au traitement des images.

Je vais tester

Cordialement,

JL


  • 0

#4 Eildosa

Eildosa

    Procaryote

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Posté 28 juin 2016 - 10:22

@Tryphon T
L'interet est la gratuité de la chose, les logiciel pas mal que j'avais trouver etait payant.

@Jean luc
A par contre je ne fais que du 2.7.

Python 3.x chance certain comportement et donc casse le code 2.7, mais dans les grosse boite on doit faire tourner du code legacy donc sur le marché il vaut mieux savoir faire du 2.7.
Et sur le net la majorité des script est en 2.7.

Moi je voudrais faire un script qui regarde toute ma carte SD, detecte les photo a Z stacker (en regardant si les forme sont similaire), les stacke et ensuite assemble toute les photo z stacké en panorame (pour avoir une daphnie nette en haute resolution par exemple)

Modifié par Eildosa, 28 juin 2016 - 10:24 .

  • 0

#5 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 28 juin 2016 - 11:53

(en regardant si les forme sont similaire)

Projet très intéressant, mais là, je te souhaite bien du plaisir.

Je ne vois pas par quel bout prendre le problème.

Vectoriser les images ?

 

Amicalement.


  • 0

#6 Eildosa

Eildosa

    Procaryote

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Posté 28 juin 2016 - 12:48

Nope,

 

les mathematiciens on inventée moulte méthode pour ce genre de problème : http://www.pyimagese...are-two-images/

Je pensais d'abord esseyer de faire ça, j'ai d'autre astuce dans mon sac.

Comme par exemple découper l'image en 64 rectangle et calculer la MSE de ces rectangle sur 2 image adjacente dans la carte SD, la MSE de TOUT les rectangle devrais etre similaire avec un focus légèrement différent.

 

Je vais m'y mettre samedi :)


  • 0

#7 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 28 juin 2016 - 04:47

Je suis impressionné par ton lien !

Mais je ne connais pas Python !

 

Mais il me semblait bien avoir vu Python dans Visual Studio , je regarde ce que çà donne...

 

Amicalement.


  • 0

#8 Eildosa

Eildosa

    Procaryote

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Posté 28 juin 2016 - 09:05

Apres ce n'est que des math, on peut implémenter cette fonctionnalité dans n'importe quel langage, python, java, C++, C#, etc.

Visual Studio dispose bien d'un éditeur de python mais il faudra quand même installer l’interpréteur, rajouter les variable d'environnement et installer les librairie externe pour pouvoir faire tourner le code.

Un éditeur colorise juste le texte afin de rendre le code plus lisible (et propose des fonctions de renommage intelligent et autre).


  • 0

#9 Tryphon T

Tryphon T

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Posté 29 juin 2016 - 08:57

Bonjour Eildosa, (pas facile Eildosa )

Je commence à essayer de faire marcher Python avec Visual studio (désolé, mais c'est là que j'ai tous mes programmes)
En attendant, peux-tu nous dire pourquoi Python, alors qu'il existe des tas de langages (que çà en devient insupportable) .
Raspberry aurait-il un rapport avec PY (Thon) ? J'en ai installé un et comme je n'en ai pas vu l'avantage par rapport aux Arduino, j'ai laissé tomber.

Quels sont les tutos Python SIMPLES pour commencer ? Pas pour apprendre les bases de l'informatique, mais faire tourner un premier programme genre 1 + 1 ou compter jusqu'à 100... Après on verra.


Amicalement.


  • 0

#10 jmaffert

jmaffert

    Batracien

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Posté 29 juin 2016 - 10:02

Ce qui est important quand on veut comparer des images, ce ne sont surtout pas les intensités ou le contraste. Au contraire, il faut s'en débarrasser en les normalisant. Puis se concentrer sur les formes. Il y a des tonnes d'information sur le sujet (analyse spectrale, vectorisation,...).

 

L'exemple de l'article référencé par Eildosa n'est donc pas très instructif pour le traitement d'images.

 

Cordialement


  • 0

#11 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 29 juin 2016 - 10:53

Re,

J'ai chargé différentes versions de Python.
La version (laquelle, je ne sais pas encore ! 2.7 ) sous VisualStudio
print "toto" Ça ne marche pas. Avec une pléthore d'erreurs en Anglais incompréhensibles)
La version 3.5.1
print "toto" Ça ne marche pas Missing parentheses in call to 'print'
Une version 2.6.2 (pourquoi pas)
print "toto" Ça marche.

Ça commence bien !


  • 0

#12 Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

    Purgatorius

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Posté 29 juin 2016 - 10:55

Bonjour Tryphon,

 

Un début de réponse pour Python:

 

http://python.develo...rendre-python3/

 

On peut démarrer en faisant de petit programme en ligne de commande

 

Cordialement,

JL

 

P.S. attention suivant les versions de Python 2.7 ou 3.4 il peut y avoir des différences dans la syntaxe des instructions

l' instruction :    print (toto)     devrait fonctionner


Modifié par Jean-Luc Bethmont (Picroformol), 29 juin 2016 - 11:01 .

  • 0

#13 Tryphon T

Tryphon T

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Posté 29 juin 2016 - 11:05

l' instruction : print (toto) devrait fonctionner

non: name "toto" is not defined.


  • 0

#14 Eildosa

Eildosa

    Procaryote

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Posté 29 juin 2016 - 11:27

Ce qui est important quand on veut comparer des images, ce ne sont surtout pas les intensités ou le contraste. Au contraire, il faut s'en débarrasser en les normalisant. Puis se concentrer sur les formes. Il y a des tonnes d'information sur le sujet (analyse spectrale, vectorisation,...).

L'exemple de l'article référencé par Eildosa n'est donc pas très instructif pour le traitement d'images.

Cordialement


Le lien parle aussi de la SSIM qui analyse la structure, apres je pense que la MSE fonctionnera, car l'image reste la meme sur X fois et apres on effectue une translation.


l' instruction : print (toto) devrait fonctionner

non: name "toto" is not defined.

print(toto) veut afficher le contenu de la variable toto (qui n'existe pas)
print('toto') va afficher la chaine de caractere 'toto'

j'aurais bien aimer voir les erreus que tu as eu avec python 2.7, car print "toto" est syntaxiquement correct.

Pourquoi python? car c'est un langage tres utilisé pour le traiment d'image ou le machine learning qui sont deux chose qui m'interesse.
Et puis parce que je maitrise le langage.

Pour les tutoriel en francais on a sinon open class room qui est tres bien et a jours : https://openclassroo...ammer-en-python

Modifié par Eildosa, 29 juin 2016 - 11:28 .

  • 0

#15 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 29 juin 2016 - 12:21

Merci pour ces réponses.

 

 

j'aurais bien aimer voir les erreus que tu as eu avec python 2.7, car print "toto" est syntaxiquement correct.

En fait, c'est la même : Missing parentheses in call to 'print'

 

Pour les tutoriel en francais

Non, les tutoriels il y en a plein, j'ai vu ceux d' OpenClassrooms et Développez.com ,  et d'autres

Je parle du Shell  (IDLE), son aide et ses messages d'erreur.

C'est chiant les IDE en anglais !

 

La syntaxe ("  ") fonctionne bien !

 

Amicalement.


  • 0

#16 Eildosa

Eildosa

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Posté 29 juin 2016 - 12:33

pourtant en 2.7 le print ne requière pas de parenthèse, a moins que tu ais fais import __future__ pour avoir accès à des fonctionalitées du 3.x en utilisant python 2.7

Ah pour l'IDE moi j'utilise eclipse avec le plugin pydev, c'est en anglais mais je crois que tu peux télécharger un pack de langue français.

Pour les messages d'erreurs ils seront toujours en anglais et ça on ne peut rien y faire.

Sinon on pourrais commencer un post "Aide au python" je pourrais passer plusieurs fois par jours dessus pour aider.


  • 0

#17 Tryphon T

Tryphon T

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Posté 29 juin 2016 - 12:55

Si on utilise une interface de développement assez souvent, on s'habitue et peu importe le langage.

Mais si on en utilise plusieurs ou si on veut tester, le fait que tout soit en anglais, est un repoussoir. 

On vient de voir que dans un même langage il y a des incompatibilités de version dès le premier test, (le plus simple possible) alors quand on veut tester plusieurs langages différents pour les comparer, cela dégoûte l'amateur ou le curieux et relègue la programmation aux seuls professionnels.

Comme d'habitude, il y a création de jargons et constitution de groupes fermés à l'opposé de la démocratie.

J'ai eu la chance de voir émerger la micro-informatique et les premiers langages de programmation "grand public" .

De beaux efforts ont été fait pour que le plus grand nombre bénéficient de ces nouveaux outils.

On a assisté au contraire à la confiscation de cet outil par des pro, jugeant que le grand public était trop bête.

De magnifiques instruments à la porté de tous sont apparus : Hypercard et Visual Basic, des merveilles !

Puis patatras...

Maintenant on s'aperçoit, de l'erreur monumentale et on se promet de former les enfants au codage avec des gadgets comme  Scratch à la limite du ridicule, mais qui a l'avantage d'exister.

 

Amicalement;


  • 0

#18 Eildosa

Eildosa

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Posté 29 juin 2016 - 01:21

Pour les incompatibilitée entre version c'est spécifique au python.

 

Tout les 2.x sont compatible entre eux, puis on a décider d’améliorer le langage quitte a casser la rétrocompatibilité.
Le python 3.X était né.
Sauf que pas grand monde a voulut ré-écrire son code et donc le 2.7 reste aujourd'hui la référence.

 

Apres toute l’étape des variable d'environnement n'est pas nécessaire, en fait ça sert a pouvoir taper :

python monscript.py 

pour lancer le script python, sans faire toute ces modification au niveau des variable d'environnement il suffira de taper :

C:\Python27\python monscript.py

 

Les variable d'environnement servent juste a taper "python" sans avoir a indiquer son répertoire.

Une fois qu'on a compris a quoi elles servent, il n'y a plus rien de complexe.

 

Mise a part l'installation de l'interpreteur et la configuration de windows pour un neophyte python est en soit un language tres, treeees simple.

 

Le problème du visual basic est qu'il ne tourne que sur windows et qu'il devient tres tres difficile lors de tache complexe a realiser. mais les chose simple sont plus facile en VB.


  • 0

#19 jmaffert

jmaffert

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Posté 29 juin 2016 - 04:58

Pour les nostalgiques d'Hypercard, il existe Live Code, logiciel dont il existe une version libre de droits que l'on peut télécharger sans problème. Existe pour MacOS, Windows et Linux.

Ca a la même facilité d'utilisation qu'Hypercard, peut récupérer des vieilles piles Hypercard, mais a plus de fonctionnalités et est entretenu. J'y suis passé après avoir utilisé Revolution dans une phase intermédiaire.

Pour ceux qui ne connaissaient pas Hypercard, c'est un gestionnaire de bases de données, très puissant et facile à utiliser (en ne rechignant pas à faire de la programmation avec un langage simple et intuitif). Nombreuses fonctions de mise en page et de traitement de texte.

J'ai fait une base de données relationnelle avec plus de 30000 noms de champignons...et je n'aime pas l'informatique...

Cordialement

Modifié par jmaffert, 29 juin 2016 - 04:59 .

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#20 Tryphon T

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Posté 29 juin 2016 - 07:09

Merci Jérôme,

 

En quelques secondes, je viens de passer d'un sourire radieux (Live Code) à une grimace de déception (699 $ / an).

 

Dommage, j'aurais bien aimé faire joujou.

 

Je n'aurais pas de toute façon pu récupérer mes disquettes . Je travaillais à l'époque sous système 7 avec un Émulateur Spectre GCR qui tournait sur Atari TT.

 

Amicalement.


  • 0

#21 jmaffert

jmaffert

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Posté 29 juin 2016 - 08:33

Live code est gratuit si on sert de la version sans protection du code : "open source", ce qui n'a aucune importance pour une utilisation personnelle. Les versions payantes sont à utiliser seulement si on veut développer des applications et les protéger, par exemple pour les vendre.

Il faut aller sur LiveCode, puis sur "open source". C'est gratuit et ça marche très bien. https://livecode.org/

La récupération de tes anciennes disquettes est évidemment plus problématique, compte tenu de ta configuration un peu "particulière".

Amicalement

Modifié par jmaffert, 29 juin 2016 - 08:35 .

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#22 Tryphon T

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Posté 29 juin 2016 - 08:40

Pardon pour l'erreur ! Je n'avais pas vu qu'il y avait une version gratuite.

Je suis entrain de la charger. (Version Mac : cela me parait plus logique)

 

Amicalement.


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#23 Tryphon T

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Posté 30 juin 2016 - 11:02

Bonjour,

 

Voilà, çà marche sur Mac.

Bon, maintenant je veux faire un "standalone"  pour exécuter ma pile sur Windows : problème, j'ai cru comprendre qu'on me demande la licence ?

 

Même sous Mac, je n'ai pas la possibilité de faire une application autonome...

 

Amicalement.


  • 0

#24 jmaffert

jmaffert

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Posté 30 juin 2016 - 12:18

Je pense qu'on peut faire des applications autonomes avec les versions payantes. Avec la version gratuite ça marche comme une pile Hypercard, qui nécessite Hypercard installé sur l'ordinateur.

 

Avec un Live Code gratuit, normalement toute personne qui a en un installé sur sa machine peut ouvrir une pile, la consulter et la modifier. Normalement une même pile peut fonctionner avec des Live Code différents installés sur des machines ayant des OS différents.

 

Amicalement


  • 0

#25 Eildosa

Eildosa

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Posté 30 juin 2016 - 01:26

C'est quoi l'avantage de hypercard par rapport au langage de requetage SQL (qui fonctionne avec toute base de donnée relationelle)?


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#26 Tryphon T

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Posté 30 juin 2016 - 03:36

Petite histoire de l' Informatique pour les plus jeunes.

 

L'ordinateur est à mon avis la plus importante découverte de l'humanité.

(je peux développer ce point , mais cela peut nous entrainer très loin)

 

Je commencerai l'histoire, avec les premières "plaques" que l'on pouvait monter chez-soi faute de pouvoir se payer un Apple II. (1977 -1978)

En gros, sur un Apple II, il y avait des programmes tout faits qu'il suffisait de savoir lancer, tout comme les ordinateurs actuels.

Sur les plaques, faites chez soi , pour ma part, il s'agissait du Proteus III (MS-1), il n'y avait aucun programme installé à bord à l'exeption du " moniteur" et un Langage Basic de 8 Ko interprété. Donc tout programme devait être écrit pas soi-même et si on ne voulait pas le perdre, il fallait l'enregistrer sur une cassette audio. 

Si on voulait toucher aux plaisir de faire quelque chose de concret avec son ordinateur, il fallait écrire des lignes de code. Pour ma part, je faisais du calcul 

Des plaques plus évoluées sont sorties puis des ordinateurs tout faits à des prix abordables. avec des programmes eux aussi tout faits les accompagnaient.

 

La vraie révolution dans le développement de programmes "à la maison" s'est faite  en 1987 avec Hypercard. Bien entendu comme je ne possédais pas d'Apple trop cher, et que j'en étais à l Atari TT (une "puissante" station de travail pour l'époque) , je lui ai installé un boitier (Spectre GCR) qui permettait d'émuler un Mac (!) après avoir acheté le système 7) bien entendu, ce qui donnait accès à Hypercard ! Un régal.

 

Dans le monde Microsoft (sur les IBM PC et compatibles, beaucoup plus ouverts que les Mac , est apparu le Visual Basic (1991) dérivé d'une longue génération de Basic's qui a donné la dernière version encore accessible à des amateurs le VB6 .  Le VB 6 a été abandonné pour évoluer vers des versions "professionnelles" Visual Basic .NET .

Actuellement on trouve les dernières versions de Visual Basic sur la plateforme Visual Studio 2015 .

 

Donc Hypercard (Live Code ) que je viens d'installer, j'oublie , je ne peux rien en faire de concret qui soit distribuable.

 

Amicalement.


  • 0

#27 jmaffert

jmaffert

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Posté 30 juin 2016 - 08:06

 L'avantage de Hypercard est d'être simple à utiliser. La mise en page d'une fiche se fait en interactif à l'écran. Chaque champ ou bouton d'action peut se programmer indépendamment du reste, se recopier, etc...

 

Le langage de programmation est une sorte de Basic en anglais courant, avec de bonnes fonctions de traitement de texte.

 

Hypercard s'est arrêté il y a pas mal d'années maintenant. Son inconvénient majeur était d'être limité aux Macs (comme Access l'est aux PC). Live code est multi plates-formes, gère le texte, les nombres, les images, les sons, etc...

 

Un fichier Hypercard ou Live code comprend à la fois les données et le code des fonctions intégrées à la base. Il est utilisable sur tout ordinateur ayant le logiciel de base (gratuit). On peut parfaitement distribuer une structure de base de données (instanciée ou non) mais le code est lisible par tout le monde, dans le cas des versions gratuites du logiciel.

 

Exemple d'utilisation :

 

Mon fichier de noms de champignons :

Capture d’écran 2016-06-30 à 20.52.35.png

 

Chaque fiche correspond à un nom (30000 dans la base). Quelques fonctions :

Synonymes me liste les synonymes de ce nom (nombreux chez les champignons)

Bibliographie me liste les livres ou articles où ce champignon est décrit

Livres indique les livres qui traitent de ce groupe

Trouvailles liste les lieux et dates où j'ai trouvé ce champignon

Le petit appareil photo fait apparaître une ou des photos du champignon, etc...

 

C'est assez simple à programmer, agréable à utiliser et demande beaucoup de temps pour remplir la base de données (40 ans..., pas à temps plein :P )

 

Exemple de code du bouton "Livres" :

 

Capture d’écran 2016-06-30 à 21.03.47.png

 

Amicalement


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#28 Tryphon T

Tryphon T

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Posté 30 juin 2016 - 09:58

 L'avantage de Hypercard est d'être simple à utiliser. La mise en page d'une fiche se fait en interactif à l'écran. Chaque champ ou bouton d'action peut se programmer indépendamment du reste, se recopier, etc...

 

C'est exactement la même chose en VB !

On choisit un objet dans une boite à outils.

On le pose sur une feuille

On spécifie ses propriétés

On lui associe un code.

On voit immédiatement le résultat à l'écran.

 

BAF.JPG

 

Amicalement.

 


  • 0

#29 Eildosa

Eildosa

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Posté 05 juillet 2016 - 12:49

Ah mais c'est parce que vous voulez realiser des application graphique (GUI)

 

Le langage python est tout aussi simple que le VB, c'est juste qu'on a pas d'editeur graphique pour fabriquer des fenetre a la souris nativement (un editeur WYSIWYG).
Personellement je ne fais que des programme console, donc bon.

 

Mais il en existes : https://glade.gnome.org/


  • 0

#30 Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

    Purgatorius

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Posté 05 juillet 2016 - 04:39

Si j' ai bien compris le code il faut importer la  fonction findHomography de openCV2

Peut-on la coder en Python pour ne pas avoir à utiliser OpenCV ?

cordialement,

JL


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#31 Eildosa

Eildosa

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Posté 06 juillet 2016 - 09:55

Oui bien sur, on peu tout coder en python, mais pourquoi faire, c'est déjà fait.

Bref j'ai pas été content de ce focus stacker, il génère de mauvais résultats quand les photo ne sont pas bien aligné et même quand les photo sont bien aligné les résultats ne sont pas aussi bon que les logiciel commerciaux (les stack que j'avais était facile a fusionner et j'avais de bon résultat avant),

 

Ici au milieu de la page il y a une stack d'insecte : http://www.heliconso...-focus-gallery/ cette stack pose des problème d'alignement avec le code actuel.

 

j'ai ré-ecris une implémentation moi même, j'utilise la nouvelle fonction de openCV 3.1 qui fait une transformation ECC pour la phase d'alignement, elle est maintenant parfaite :D,

la j’essaye de comprendre comment fonction la pyramide laplacienne pour fusionner les partie en focus.

 

Je publierais sur mon github le code d'ici une semaine (avec le fichier cv2 dedans) et je vous construirais un .exe pour pouvoir l'utiliser sans avoir a installer l'interpreteur python et cv2. 


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#32 beruco

beruco

    Nucléotide

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  • 18 messages

Posté 29 octobre 2016 - 09:59

​Au niveau professionnel, les microscopistes utilisent beaucoup le logiciel gratuit ImageJ dans sa version Fiji.  Ce logiciel à l'avantage d'être dédié à la microscopie et d'avoir une grande communauté d'utilisateurs prêts à donner des conseils.  Voici comment faire du z-stacking avec ImageJ/FIJI : https://www.dpreview...s/post/50059191


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#33 Eildosa

Eildosa

    Procaryote

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  • Pip
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Posté 29 octobre 2016 - 02:04

au passage, j'ai abandonnée l'idée, le fait est qu'il y a toujours plusieur façon de montrer un organisme semie transparent et donc aucun moyen d'automatiser le processus.

C'est un choix humain qui va decider de montrer l'exterieur d'une daphnie ou l'interieur sur le resultat d'un stacking.
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#34 Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

    Purgatorius

  • Membre Modérateur
  • 701 messages

Posté 31 octobre 2016 - 08:38

bonjour,

 

Depuis quelques temps j' utilise EnfuseGUI sous mac je le trouve facile à utliser.

On peut fusionner les images pour le focus stacking (contraste à 1, les autres paramètres à 0) ou fusionner des images d' expositions différentes (HDR);

 

http://software.berg...segui/Main.html

 

cordialement,

JL

 


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