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Photo

Étalonnage avec The GIMP


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1 réponse à ce sujet

#1 Buteo

Buteo

    Invertébré

  • Membre confirmé
  • PipPipPip
  • 380 messages

Posté 09 mars 2017 - 10:15

Bonjour 
Cosinus a donné des indications à Chrisdevasles concernant l'échantillonnage.
Voici une méthode plus généraliste.  
 
The GIMP est un logiciel gratuit qui, selon les dires, est à la hauteur de Photoshop.
Je ne l'utilise pas (les habitudes ayant été prises avec Photosh) mais j'ai vérifié ce qui suit, avec captures d'écrans concernant ma caméra et mon objectif x40.
Ce processus est à faire avec chaque objectif évidemment. 
 
1 tu prends en photo ta lame étalon
2 tu ouvres la photo dans The GIMP. Dans "outils" choisir "mesures" et mesurer un intervalle connu 
3 tu établis le nombre de pixels/mesure ( x pixels = x microns)
 
2cropWEB.jpg
 
3.jpg
 
4.jpg
 
Tu peux te limiter à ça et t'inscrire quelque part les différents rapports. Ainsi quand tu mesures un objet photographié tu connais le nombre de pixels et avec une multiplication tu en trouves la dimension.
 
Tryphon nous a expliqué il y a peu cette méthode, le principe de base est toujours le même. 
 
Je mets simplement en garde : attention aux redimensionnements et recadrages qui peuvent modifier le rapport dimension de l'image/ résolution (ce qui se passe quand on sur- ou sous- échantillonne).
Pour éviter les accidents prendre les dimensions dès le début donc avant tout bidouillage de l'image et évidemment ne pas prendre de mesures d'une photo dont ont ne connait pas la provenance ou plutôt "l'histoire" (car ça peut être une de nos propres photos). Je garde toujours dans mes dossiers le cliché brut issu de caméra ou celui de sortie après traitement par CombineZP ; comme ça , en cas de doute, je peux m'y référer. 
 
Buteo    
 
Aujourd'hui j'ai voulu continuer ce mini tutoriel en montrant comment faire un calque contenant une échelle et les caractéristiques du matériel utilisé... mais comme déjà dit The GIMP a sa propre façon de fonctionner et ça met ma patience à l'épreuve donc si qq'un s'en sent l'envie .. moi j'abandonne car il faut bien maîtriser pour pouvoir expliquer clairement !

 


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#2 beruco

beruco

    Nucléotide

  • Membre confirmé
  • 18 messages

Posté 02 juin 2017 - 04:15

Pour la microscopie, ImageJ est plus approprié.
Le logiciel est téléchargeable ici : https://imagej.nih.g...j/download.html
L'étalonnage à partir d'une photo de lame micrométrique est applicable aux photos prises dans les même conditions.

Le premier défaut de votre méthode est de ne prendre qu'une partie des graduations, en prenant la plus grande longueur, ici 150 µm, vous minimiser l'incertitude sur la mesure.

Pour minimiser encore cette incertitude j'utilise l'option "plot profile".

Pour ce faire, dans imageJ, cliquer sur l'outils Straight et tracer une ligne sur la plus grande longueur.

 

Cliquer sur le menu "Analyse/Plot profile" (ou CTRL K)

 

 

En zoomant (+) on repaire les coordonnées X en pixels (531 pour le pic de droite et 22 pour le pic de gauche, soit 509 pixels pour 150 µm (les valeurs sont différentes de vos mesures car l'image que vous fournissez n'est pas à la bonne échelle).
L'échelle est paramétrée dans Analyse/Set Scale

 

L'option "global" permet d'attribuer l'échelle à l'ensemble des fenêtres ouvertes.  Si on a au préalable ouvert toutes les images devant avoir la même échelle, celles-ci seront automatiquement étalonnées en même temps.

Pour ajouter la barre d'échelle il suffit de cliquer sur "Analyse/tools/Scale bar.

 

(Remarque : J'aurais bien ajouté des images mais l'interface refuse)


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