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Photo

Traitement d'images pour les diatomées.


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11 réponses à ce sujet

#1 pablito

pablito

    Homo sapiens microscopicus

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Posté 26 mai 2017 - 03:20

Bonjour, 

 

Comme d'autre l'ont fait sur ce forum, je vais dans ce chapitre vous montrer le travail de post production que je réalise pour présenter mes images de diatomées.

Cette démarche est liée à la remarque de Tryphon, sur un exemple : "La seule chose qui personnellement me gêne c'est l'effaçage systématique du bruit ! Cela correspond à un "goût" artistique, mais c'est quand même du maquillage"

Or paradoxalement, s'il y a une chose que je ne fais pas, c'est utiliser un logiciel ou une fonction photoshop de réduction du bruit ! 

Mais la remarque reste très pertinente, toute manipulation est créatrice de richesse ... et parfois destruction de valeur.

 

Je prends ici exemple sur une diatomée, Cerataulus turgida, que je vous présenterai par ailleurs.

 

 

1. La matière de base :

 

Les photos de diatomées sont prises au X100 à immersion en grande majorité. La profondeur de champ est très faible.

Il faut donc pour avoir des informations complètes multiplier les prise de vue, avec un pas aussi faible que possible pour un recouvrement des plans de netteté.

Dans le cas, présent, j'ai pris 74 photos.

Je vous donne ci dessous un exemple, et encore, il s'agit d'une des photos de la pile ayant le maximum de zones de netteté, pour bien voir la diatomée. certaines des photos ont seulement des minuscules points d'intérêt.

Pour donner un ordre de grandeur, le temps passé au microscope (réglages, prise de vue, est d'environ 20 minutes par diatomée.

Je n'ai pas de dispositif de réglage automatique de pas, je fais manuellement. Un coup de main à prendre.

 

cerataulus turgida 00.JPG

 

 

2. Le traitement sous hélicon FOCUS

 

Helicon focus va permettre de réaliser des assemblages des 74 images sources, en composant les plans de netteté.

 

Ce logiciel permet de choisir trois modes d'assemblage, notés ici (et sur HELICON) méthodes A, B et C

A chaque fois, pour éviter les erreurs, il faut reprendre à la main les 74 photos (en fait, que 5 ou 10 sélectionnées) pour affiner le résultat.

 

Les trois systèmes ont des grandes qualités et d'immenses défauts. je n'oserai jamais, jamais présenter une photo sous MikrOscOpia issue de ce seul traitement.

 

 

- Méthode A : les moyennes pondérées

 

Avantage  : Cette méthode permet un assemblage très fidèle, directement exploitable et représentant de façon fidèle le volume. 

Inconvénient : la perte d'information dans les détails est catastrophique.

 

cerataulus turgida Stacking methode A.jpg

 

- Méthode B : l'assemblage des zones de netteté sans traitement

 

Avantage : cette méthode va chercher les zones de netteté

Inconvénient : multiplication des effets de transition entre les zones de netteté. Horrible.

 

cerataulus turgida Stacking methode B.jpg

 

- Méthode C : l'assemblage par le contraste maximum

 

Avantage : cette méthode délivre une image avec un niveau de détail incroyable.

Inconvénient : Image assez laide, multiplication des couches superposées, effet de bruit X100 par rapport aux images sources, effets de bords déplorables.

 

cerataulus turgida Stacking methode C.jpg

 

---> pour toutes mes diatomées, je réalise les trois méthodes. Temps passé pour une photo : entre 1 heure et 1 heure et demi.

 

 

 

 

3. Le traitement sous photoshop

 

J'ouvre les trois versions de composition helicon focus sous photoshop, puis je réalise une image avec trois calques superposés :

 

- Le calque de fond avec la méthode A

Puis en calques  supplémentaires les deux autres techniques.

 

Il me reste à faire un panachage des trois méthodes : en jouant à la fois sur les zones des calques à prendre en compte (le fond sur la méthode A, le relief sur la B, les détails sur la C

Je joue aussi bien évidemment sur la transparence : sur une zone sélectionnée, , je peux laisser superposée 45% de l'image C, 35 % de l'image B et 20 % de l'image A pour le fondu. 

 

Ensuite je ne fais plus que trois choses : 

- je rajoute une échelle avec des calques déjà préparés

- je fais, en ce moment, un dégradé sur le fond selon une idée fournie par Solito en son temps.

- en final, je réduis la taille 

 

 

temps passé sur photoshop : entre 30 minutes et une heure.

 

Voilà la photo finale.

 

Pierre

 

 

cerataulus turgida final face_V91.jpg

 

 


Modifié par pablito, 26 mai 2017 - 03:22 .

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#2 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 26 mai 2017 - 05:50

Hello Pierre,

 

D'abord de te dire que j’apprécie énormément ton travail que je ne vais pas critiquer dans son ensemble en tant que but que tu t'es fixé et que tu exécutes avec passion.

Les photos sont magnifiques.

 

La question que je me pose, dans ma petite tête: est-ce que la mariée n'est pas trop belle ?

Est-ce que les traitement qu'on fait subir à l'image, ne détruit pas des informations?

Tu décris le stacking, dont le but est louable : augmenter la profondeur de champ. 

On gagne d'un côté, mais que perd-on de l'autre?

 

Amicalement.


  • 0

#3 solito de solis

solito de solis

    Homo sapiens microscopicus

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Posté 26 mai 2017 - 06:35

@Pabl

Il n'est pas question ici en mon chef de prétendre être plus capable de gérer les data par le logiciel photoshop

C'est juste une expérience au départ de ta première photo, celle des moyennes pondérées

et voilà ce que cela donne après trois opérations

1)  sur un clic toshop met à niveaux automatique la courbe de l'histogramme des niveaux

2) un clic sur le filtre Nikon Tonal contrast sur toute l'image

3) le fond est traité comme d'habitude par une duplication de l'image soumise ensuite à un flou gaussien puis effacement du sujet qui se détache sur le fond blurré

 

Cela prend 2 minutes en tout

et cela donne ceci

(j'ai réduit la taille un tout petit peu pour aider Tryphon dans son volume data)

 

pabli.jpg

 

SI je compare avec tes images finales demandant élaboration pointue et longue

je ne vois pas trop (excuse moi de ma mauvaise vue sinon) ce que l'on peut avoir comme infos supplémentaires concernant ce frustule...

 

Dans tous les cas, tes photos comme celle que j'ai un tout petit peu reconditionnée...

me donnent la sensation que le frustule n'est pas comme cela... les lumières ne sont pas conformes à ce que mon cerveau demande à percevoir comme distribution lumineuse

pour sentir les deux "cornes" du frustule. Je pense que pour une bonne part de la sensation, je dois en permanence corriger 'intérieurement" pour trouver le volume

et pour ne pas voir les deux excroissances être deux puits

 

Donc, je dirais pour en terminer que tu te donnes bien du mal pour réaliser de belles photographies très esthétiques mais qui dérangent en tout cas lorsque le volume est ainsi mis à plat

(il en va de même pour toute pensée, lorsqu'on doit l'écrire, rassure-toi)

et que cela ne me dérange pas du tout, sauf que cela ne m'interpelle pas dans le sens "surprenante prise de vue"

J'imagine par exemple que ce frustule et spécifiquement celui-ci doit être envisagé sous bien des angles d'éclairages différents pour obtenir la sensation tridimensionnelle

que tu penserais pouvoir obtenir.

 

Néanmoins, je dirai comme Mark Zuckenberg dans son discours magistral à Harvard hier que 

Les plus grands succès naissent de la liberté d’échouer.
 

amicalement

SDS

 

 


  • 0

#4 Claude Brezisky

Claude Brezisky

    Reptile

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Posté 26 mai 2017 - 08:43

Bonsoir Pierre,

Tu as une fonction dans Helicon qui permet de copier les parties nettes de chaque photos de la pile sur la photo finale résultant de la compilation de la pile si le résultat n'est pas satisfaisant.

Tu as à ce niveau toutes les fonctions de grosseur, de transparence, de fusion des bords etc... qui te permette de respecter les détails réels les plus fins de chaque photo.

Cordialement

Claude 


  • 0

#5 pablito

pablito

    Homo sapiens microscopicus

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Posté 26 mai 2017 - 08:48

Solito

Peux tu refaire ta manip sur ma photo finale ???

Je voudrais voir la différence

Pierre
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#6 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 26 mai 2017 - 08:52

Bonjour,

 

Si je  peux me permettre de saler un peu (traduisez : mettre mon grain de sel)

 

Voici un crop de la photo originale :

 

2017-05-26 21_42_05-Traitement d'images pour les diatomées. - - Logiciels et Protocoles - Mikroscopi.png

 

Et voici le crop au même endroit de la photo traitée par SDS.

 

2017-05-26 21_41_15-Traitement d'images pour les diatomées. - - Logiciels et Protocoles - Mikroscopi.png

 

Des détails visibles dans la première photo, dans l'ovale, ont complètement disparu dans la seconde , remplacés par une purée de pixels.

 

Pratiquement chaque fois que l'on manipule une image avec des algorithmes que l'on ne contrôle pas et qu'on ne comprend pas, il y a disparition de données.

Tout le travail de résolution de nos objectifs est irrémédiablement anéanti pour favoriser une vision plus agréable à une échelle  supérieure.

 

Je ne vois vraiment pas ce que cela nous apporte ?

 

Amicalement.

 

 

 


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#7 solito de solis

solito de solis

    Homo sapiens microscopicus

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Posté 26 mai 2017 - 09:59

@T

disparition de données: Tu veux m"énerver donc.

Si encore il y en avait des données... ici ce sont des détails qui n'ont aucune importance pour le diatomiste

 D'ailleurs si tu discutes avec un expert diatomiste il te parlera de l'importance de l'analyse génétique et non plus de stries ou de perles ou de dimensions

car si on pousse la quête jusqu'à de tels détails, ils ne signifient plus rien du tout, mais rien du tout parce que pour un même code génétique 

l'expression peut varier au point de disputer pendant des heures à des colloques pour savoir qui a raison et quel nom de sous-espèce il faut attribuer à telle diatomée.

Aujourd'hui c'est la génétique qui compte et non plus uniquement la morphologie.

Alors restez donc simple et humble de coeur, vous n'avez pas de séquenceur, ni de PCR pour vous permettre un échantillon suffisant (en microgrammes) pour pouvoir séquencer

et déterminer, il y a alors la beauté des objets telle qu'on peut la rendre avec la bonne volonté, la patience et la détermination de Pablito ou de Claude machin

Reste à savoir comment la mettre en évidence... et là l'éclairage, la gestion de ces algorithmes qui t'énervent parce qu'ils te font croire que la réalité est plus proche du brut que de l'ornementation

Et à chacun de savoir comment avoir plaisir et faire plaisir

 

Pour le reste... les frustules sont transparents et théoriquement d'une transparence telle qu'il faille tenir compte des diffractions de la lumière à cette échelle

Et celui qui peut décider ce qu'est réellement l'aspect d'un frustule observé d'aussi près avec un microscope photonique est un génie.

 

voilà ce que je fais de ton crop en deux secondes

cropcrop.JPG


Modifié par solito de solis, 26 mai 2017 - 10:12 .

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#8 Tryphon T

Tryphon T

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Posté 27 mai 2017 - 10:05

Bonjour,

 

@T

disparition de données: Tu veux m"énerver donc.

Si encore il y en avait des données... ici ce sont des détails qui n'ont aucune importance pour le diatomiste

 D'ailleurs si tu discutes avec un expert diatomiste il te parlera de l'importance de l'analyse génétique et non plus de stries ou de perles ou de dimensions

 

 

Il fait quoi ton expert  diatomiste comme recherche?

S'il me parle de la génétique pour déterminer une diatomée, c'est bien, mais ici sur ce forum, nous faisons essentiellement de la microscopie et une photo dépouillée de tous les détails qui n'intéressent pas un diatomiste, un botaniste, un biologiste ou un simple gugus qui n'y comprend rien du tout, sera réduite à sa plus simple expression et surtout sans aucun intérêt scientifique.

 

De quel droit (à par le droit à l'esthétique ou à l'Art ) un microscopiste du forum ferait disparaître une quantité impressionnante de détails sous le seul prétexte qu'ils n'ont pas d'utilité? (1)

 

Ne rechercher que le connu n'est pas de la recherche ! 

Je suis intimement persuadé que quand le premier microscopiste a découvert les chromosomes dans une cellule, de nombreux autres "Savants" ont dit, cela ne sert à rien ! Et pourtant.

C'est la même chose pour TOUTES les découvertes!

J'ai lu des tas de texte d'époque qui disaient que le microscope électronique, c'était totalement inutile.

Pa si loin de nous mais dans un autre domaine , combien de photographes déboussolés, ne voyaient pas l'utilité des appareils photos numériques... et le criaient haut et fort, ils étais "énervés" .

 

Désolé, mais ton "trou/pore" débarrassé de tous détails , n' a pour moi aucune valeur informative à moins que tu ne t'intéresse qu'au trou lui même sans chercher à savoir ce qu'il pourrait contenir .

Si le travail de l'expert diatomiste consiste à compter ou a mesurer les trous, dans ce cadre très restrictif de la recherche, ce qu'il y a dans le "trou" n'a aucune valeur. Mais la recherche, ne concerne pas QUE le diatomiste expert.

Personnellement TOUT  ce qui sort du microscope m'intéresse, en commençant au niveau du pixel, et mon but est de faire passer  que plus on détruit d'information, et plus on se prive de chances de comprendre.

Choisir entre ce qui est "bon" ou "pas bon" dans une image n'est possible que si on a une idée préconçue de ce qu'on veut voir.

La science c'est de d'abord accepter ce qu'on voit et ensuite d'essayer de comprendre.

 

Si on élimine tout ce qu'on ne comprend pas, on ne fait pas de la science, mais de l'idéologie.

 

Amicalement.

 

(1) Je comprends très bien que dans un but bien précis, par exemple, reconstituer le relief d'une diatomée par stacking par exemple, certains petits détails n'aient pas d'intérêt ou soient même gênants et qu'on les néglige ou qu'on les élimine. Je ne suis pas sectaire.

 

Mais à quoi cela sert-il d'utiliser le seul objectif qui donne justement les détails que l'on va négliger ou effacer de toute façon?

Ne serait-il pas plus judicieux d'utiliser un objectif moindre ON et qui serait moins fort et aurait de ce fait une plus grande profondeur de champ ?

 

Mais, et je n'en démord pas, si on utilise un ON 1.4 c'est pour accéder à des détails, et non d'être obligé de faire des mosaïques tout en effaçant les détails.

 

 

 

 


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#9 solito de solis

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Posté 27 mai 2017 - 02:28

@t

plus on détruit d'information, et plus on se prive de chances de comprendre.

 

Plus il y aura d'informations  et plus tu multiplieras les interprétations (tenir compte des aléas, des dérives, des cycles, des erreurs, des dogmes, les variables cachées etc...)

et si ta compréhension est cela, alors elle sera juste dans une vision holistique de TOUTES les INTERPRETATIONS possibles: les antérieures, les présentes, les prédictibles, les potentiellement à venir etc...

SInon, tu (pas toi Tryphon, mais le tu anonyme) t'enfermeras dans une interprétation unique et singulière

qui se voudra péremptoire et qui reviendra à équivaloir à la naissance d'un certain fascisme

et qui sera génératrice d'une part des dictatures et d'autre part de la folie des masses qui en ont par moments comme ceux-ci, besoin.

 

C'est comme tu veux

Mais tu vois que la microscopie est aussi un "polyface" qui comme toute grammaire, peut renseigner sur l'individu qui en parle.

 

Si tu as faim... tu ne t'intéresseras pas à ton ON 1.4

C'est là un luxe de l'intellect raisonnable, c'est à dire, pathologique.

 

(c'est un psychiatre qui signe ici)

 

ps: Personne n'a jamais vu une diatomée face à face, dans sa vraie nature, il n'y a que des interprétations et des nécessités interprétatives.

 


Modifié par solito de solis, 27 mai 2017 - 02:29 .

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#10 Claude Brezisky

Claude Brezisky

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Posté 28 mai 2017 - 03:19

Bonjour Solitruc,

 

 

ou de Claude machin

 

 

(c'est un psychiatre qui signe ici)

Soit tu peux pas m'encaisser et c'est ton droit, soit tu dois aller te faire soigner rapidement.

Tes raisonnements de haute sphère dans tous les sujets me gonflent et je ferme quand même ma gueule de prolétaire pour l’intérêt du forum.

Même pas cordialement.

Claude


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#11 Tryphon T

Tryphon T

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Posté 28 mai 2017 - 08:29

Bonjour Claude, tous,

 

Je porte la lourde responsabilité d'avoir créé un forum de microscopie, le premier francophone et j'en suis fier.

Ensuite, je me pose tous les jours, la même question : comment faire pour bien faire?

Comment faire pour que tout le monde puisse s'exprimer quel que soit sa vision de la microscopie qui varie selon les opinions.

La richesse de ce forum, c'est la diversité et  de la diversité  naissent les incompréhensions. Parfois la température monte, et les esprits s'échauffent. 

Certains ont des raisons personnelles de s'enflammer et ils ne sont pas conscients qu'en le faisant ils blessent.

Parfois un simple humour peut blesser.

Il y a tellement de façons de blesser les gens sans s'en rendre compte.

Même le silence, ou  la non réponse, peut être blessant.

Il faut quand même continuer à nous battre pour faire vivre le forum.

 

Un forum aseptisé, le rêve de certains, ça existe, mais on s'y ennuie.

Et puis l’asepsie, c'est redoutable, celui qui parle plus haut que les autres , qui ne pense pas comme les autres, se fait éliminer. Plusieurs ici en savent quelque chose.

 

Alors, il faut peser le pour et le contre, fixer un objectif et s'y tenir.

 

Sur le fond:

Traitement d'images pour diatomées.

Pierre nous explique sa technique . C'est sa technique, c'est son sujet, c'est lui qui doit avoir le dernier mot.

Il nous indique comment il fait et le résultat, celui qu'il a choisi de nous exposer est plutôt convainquant.

Doit-on pour autant lui dire amen pour respecter la paix sociale.

J'objecte, que ses traitements font disparaître certains détails, certaines informations.

Si Pierre, comme beaucoup, a choisi de nous présenter des diatomées dans leur ensemble, le plus fidèlement possible au détriment du détail , c'est son choix et son droit le plus absolu.

Si Solito, fait disparaître encore plus de détails pour faire passer sa thèse que la vérité est inconnaissable en se basant sur une vision contestable (et je ne la contesterai pas ici, ce n'est pas le lieu) du fonctionnement cérébral, c'est border-line dans un forum de microscopie, mais cela peut éventuellement se discuter à condition de garder la bonne mesure .

Mais comme certaines bornes sont franchies, je ne ne le ferais pas, de plus cela n'intéresse que deux personnes.

 

J'en appelle donc à un peu plus de solidarité.

 

Le dernier mot est à Pierre, qui nous dira s'il le désire, si l'on déplace ou pas les réponses qui n'ont vraiment rien à voir avec son titre.

 

Amicalement.


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#12 pablito

pablito

    Homo sapiens microscopicus

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Posté 28 mai 2017 - 08:50

Je suis preneur et partisan de tous les débats, toutes les confrontations d'idées, toutes les remarques, sauf celles qui visent les personnes et jugent.

On peut lire le post en ce sens et y voir le "machin" qui a fait grain de sable initial, comme dans les huîtres perlières que j'affectionne tant, vous le savez.

Amicalement

Pierre
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