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Photo

Traitement d'images en microscopie.


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24 réponses à ce sujet

#1 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 07 décembre 2018 - 10:14

Introduction :

La quasi majorité des réflexions sur le sujet est inspirée de l' Art photographique.

D'ailleurs, la majorité des connaissances en Optique et en Numérique (les capteurs les APN etc  )  viennent du monde de la Photo et des revues ou sites pour photographes.

Dans ce contexte, quand on parle de traitement d'images, on fait quasiment toujours référence aux sources de cet Art, en considérant que tout ce qui sort d'un appareil photo est la réalité, puisque ce que l'on voit sur une photo  colle parfaitement avec la vision oculaire.

Et chaque fois qu'il y a une petite différence, le Traitement d'Images, est là pour çà.

En photographie, les usages qui dominent très largement sont les photos d'Art et dans cette catégorie on peut classer aussi  les photos grand public dont le but est de témoigner d'un événement en utilisant les réglages basiques (par défaut) de l'appareil.

C'est dans ce but que sont construits l'infime majorité des appareils photo.

Les appareils dits professionnels sont basés sur le même principe sauf qu'ils sont plus chers, peut-être plus costauds et disposent de plus de réglages, c-à-d la possibilité accrue de modifier l'image initiale.

Il ne faut pas se leurrer, la photographie scientifique n'est une infime proportion des usages de l'appareil photo .

D'un autre côté, l'avènement des microprocesseurs  a permis à tout un chacun de programmer lui même et de se rendre compte par lui même des possibilités réelles de l' Informatique et par là même de comprendre ce qu'est un algorithme et une bonne partie du monde moderne.

 

 

 

Qu'est-ce qu'un algorithme ?

 

Un algorithme est une suite finie et non ambiguë d’opérations ou d'instructions permettant de résoudre un problème ou d'obtenir un résultat. (Wikipedia)

Cette définition, au demeurant exacte, est totalement désincarnée de la réalité, un peu floue pour le profane, et laissant la porte ouverte à de nombreux fantasmes et délires.

 

Ce qu'il faudrait dire, c'est qu'un algorithme est une étape obligatoire sans lequel aucun programme informatique du plus petit (une seule instruction) au plus grand, ne pourrait exister. C'est en fait la "recette de cuisine" qui permet de mener à bien une action.

Mais un algorithme ne s'applique pas qu'à l'informatique.  De l'ouvrier, au chef d'entreprise, du soldat au Général, tous , vous même également, quand vous projetez une action, mettent  en route un algorithme.

La meilleure définition de l'algorithme est la recette (dans le sens recette de cuisine) !

Bien sûr, cela fait mois savant dans les dîners en ville ou sur les forums, mais c'est la meilleure définition, la plus fidèle qui soit.

 

Traitement d'images :

 

Chaque fois que vous utilisez un outil pour "traiter" une image, vous mettez en route un programme informatique (1) qui contient comme fil directeur un algorithme.

Le problème est de savoir ce que veut faire exactement cet outil et comment il s'y prend.

Il ne suffit pas de comprendre le sens  annoncé de l'outil et de vérifier le résultat en vous disant, c'est mieux ou moins bien, mais de comprendre ce qu'il fait réellement au niveau de l'information qui était contenue initialement dans l'image.

 

Avant d’utiliser un outil de traitement d'image , l'utilisateur va mettre en route son propre algorithme .

Il a en tête ce qu'il désire obtenir. (Son intention, c'est son algorithme.)

En principe, le but est d'améliorer l'image , mais dans quel sens ?

La première question que l'on peut se poser, c'est la rendre plus jolie ou la plus informative ?

La plus jolie, c'est donc en fonction de critères esthétiques = artistiques.

La plus informative : est-ce qu'un traitement quelconque peut amener de l'information supplémentaire à l'image autre qu’esthétique ?

 

Dans le premier cas, l'image plus jolie, cela dépend évidemment du goût de chacun ou d'un goût collectif c'est à dire une mode.

Même pas la peine d'en discuter.

Dans le deuxième , un débat est possible et souhaitable.

Nous ne parlerons donc ici que de ce deuxième cas de figure.

 

Le recadrage : (assimilable à un crop)

Je n'entrerais pas dans le détail du recadrage esthétique destiné à respecter des règles de présentation académiques des images, différent d'un crop pour isoler un objet ou un détail.

C'est davantage dans ce deuxième but que nous recadrons les images en microscopie.

 

En post-traitement il y a les incontournables recadrages : proposer un cilié perdu dans un océan n'a pas grand intérêt.

 

Parfois, c'est la seule solution possible, mais bien souvent, il y a une autre alternative.

Pourquoi ne pas utiliser un objectif plus fort ?

Le gain est évident : le sujet sera moins perdu dans l' océan et surtout on y gagnera en information; il y aura plus de détails!

 

Les opérations non destructrices et les autres.

Il faudrait passer en revue toutes les fonctions d'un logiciel de retouche et pour trouver la vérité, ma vie n'y suffirait pas.

Essayons plutôt de savoir ce qu'est l'information dans une image pour savoir si l'outil utilisé la détruit ou non.

 

Comme vous le savez, un microscope normal a plusieurs objectifs et les plus forts ont en général la meilleure résolution.

Cela veut dire qu'ils extraient du sujet le plus de détails et donc d'informations !

Il faut donc privilégier en microscopie le plus fort objectif possible.

Imaginons que notre échantillon soit extrêmement précieux . Par exemple une cellule extraterrestre qui aurait survécu dans une météorite (je n'y crois pas un instant, mais c'est pour le raisonnement) 

Quelle stratégie utiliseriez-vous pour en tirer le maximum d'information microscopique ?

Pourquoi vous contenteriez vous d'un objectif moyen?

Tous ceux qui font des photos panoramiques ont bien compris que si on veut avoir le maximum d'informations sur un sujet et même s'il est trop gros pour l'objectif, il faut quand même utiliser l'objectif le plus fort quitte à assembler les clichés pour reconstituer l'image totale du sujet.

Pourquoi en recherche scientifique, le microscope électronique a très largement supplanté le microscope photonique ?

C'est bien entendu parce que sa résolution et donc son grandissement était bien importants. Et le but de la microscopie est bien de grossir au maximum.

Pourquoi vous contenteriez vous d'un objectif moyen? (Bis).

 

(Je passe volontairement sous silence toutes les techniques microscopiques au niveau de la préparation de l'échantillon et des moyens physiques d'augmenter les contrastes)

 

A partir du moment où l'on a le maximum d'informations, il faut tout faire pour les conserver !

 

Quelles sont les opérations des logiciels dont on parle qui respectent   tous les pixels?

Et quelles sont celles qui les déplacent, les transforment les suppriment pour les remplacer par d'autres et tout cela pour nous donner au final l'illusion que l'image est meilleure ? Le résultat est une image soit disant améliorée, mais complètement artificielle, fausse.

 

Le bruit numérique.

C'est un peu le même résultat de la turbulence astronomique.

Ce sont de "pixels" qui ne correspondent à aucune réalité sur l'objet et qui prennent la place de vrais informations.

Les supprimer n'apporte aucune information nouvelle à l'image il faut tout faire pour l'éviter, c'est un fléau !

Comme ce bruit est généré par un manque de lumière, il est impardonnable d'en avoir dans des images microscopiques étant entendu que la lumière, dans un microscope, on peut en avoir autant que l'on veut !

 

Le fait de savoir qu'il y a un bouton dans ces programmes pour "effacer" le bruit numérique ne nous autorise pas à sous-éclairerez  le sujet.

Malheureusement, de plus en plus, les préparations son négligées sous prétexte qu'il y a des boutons pour compenser nos erreurs .

Tout se passe avant la prise de vue (GIGO !) 

 

Pour être complet, il faut vous dire qu'il y plusieurs niveaux d'information dans une image.

Nous avons parlé du niveau le plus fondamental, basique, celui de la meilleure résolution donnée pas nos objectifs les plus résolvants,

Les informations de base ce sont les "pixels" et rien d'autre.

 

Les Formes :

Les niveaux supérieurs (ce n'est pas un jugement de valeur !) sont les formes générées par les "pixels"

Ainsi un sujet qui a la forme d'un O  gardera sa forme quels que soient le grossissement et la résolution.

Comme l'information est un O, cette information peut être manipulée tant que l'on veut à partir du moment où elle est conservée géométriquement.

L'information n'est plus un ensemble de "pixels", mais un symbole virtuel .

On peut à souhait renforcer le contraste en augmentant les valeurs des "pixels" qui composent le "trait) tout en éclaircissant ceux qui sont juste au tour.

La transformation est faite, l'image est très lisible elle plait au cerveau (de certains !) le client qui a acheté le logiciel de retouche est content, mais beaucoup d'informations sont perdues.

Certaines diatomées se prêtent bien à ce jeu, car elles sont totalement géométrique (dans le sens d'une géométrie simpliste) et peuvent très bien servir à la détermination, Mais en dehors de cela, même si elles rassemblent toutes les caractéristiques d'un  groupe, elles ne ressemblent à aucune diatomée réelle, à aucun individu. Elles sont devenues virtuelles.

 

 

FORMES ET FOND :

Une confusion (et un désaccord) règne dans la légitimité du traitement d'image.

Les puristes diront que toute modification, toute manipulation  est une tricherie, un déformation de la réalité.

A l'opposé, d'autres diront que parfois  la réalité n'est pas assez belle et qu'il faut l'embellir (ce qui en passant est tout à fait subjectif.)

 

En fait, le scientifique peut se demander si certaines opérations sur l'image sont destructrices d'informations ou non?

C'est là qu'il faut faire la différence entre les "formes" et le "fond".

 

La forme:

J'ai expliqué que la forme est la structure générale du sujet, son aspect "périphérique" en incluant quelques détails de surface.

Une coccinelle peut se résumer à un contour et un certain nombre de points colorés. Quelle que soit l'échelle à laquelle on affiche une telle coccinelle, on reconnaîtra toujours une coccinelle et on aura l'impression que tout traitement d'image destiné à rendre le sujet le plus conforme possible à l'idée que l'on s'en fit, peut paritaire comme un bénéfice

Bien entendu pour certains objets microscopiques, les contours (les formes) sont plus variées que l'image de la coccinelle, mais entrent quand même dans ce même schéma.

Si dans une image de pelure d'oignon, on truque la photo en remplaçant une cellule par une autre, l'impression globale sera toujours la même et le truquage ne sera même pas perçu si on n'en est pas averti.

Actuellement bon nombre d'images que l'on voit dans les publicités, sont des images de synthèse et la plupart des gens n'y voient que du feu .

Et pourtant ce sont de gros mensonges sur le plan de la réalité.

Le but dans ce cas set de vendre et plus l'image est conforme à nos désirs et plus le bénéfice est grand.

 

Pour notre cerveau (je veux dire notre mental !) cette information est contenue dans la forme, toute manipulation qui conserve la forme en l'embellissant peut devenir acceptable et pour certains souhaitable.

Dans le ce cas d'école que j'ai baptisé la "forme", bien des opérations proposées par les logiciels de "traitement" d'images sont recevables.

On trafique les pixels au niveau le plus bas pour améliorer notre perception de la forme générale. 

Et les pixels eux-même, trafiqués, manipulés sont à une échelle qui échappe à notre perception. Donc invisibles !

L'information à l'échelle de la forme est conservée mais toute l'information "intime" est détruite.

 

Le fond :

 

Le fond, c'est ce qui se passe au niveau du pixel. Autrement dit, il faut voir le pixel.

Et comme les "points écran" de nos moniteurs sont actuellement de taille en dessous du pouvoir de résolution de l'oeil, on ne les voit pas quand on regarde l'écran à une distance normale. L'échelle-un ne suffit plus.

Si à chaque point-écran correspond un pixel, nous ne voyons pas l'information de l'image contenue dans le fond.

Il faut donc que chaque pixel de l'image corresponde à 4 points-image ou plus !

C'est ce que j'appelle l' Echelle UN  en fait une Echelle Un zoomée.

C'est cette conception de l'image microscopique que l'on utilise quand on travaille en Haute Résolution", c'est à dire qu'on exploite tout le pouvoir résolvant du microscope.

 

On s’aperçoit, à cette échelle,toutes les transformations apportées (ou tout le désastre) par le traitement d'image.

Toute l'information initiale est modifiée et l'information initiale est perdue. Ne subsistent  que les informations des niveaux supérieurs appelées ici formes.

On transforme une réalité précieuse en une autre réalité totalement artificielle.

Prenons l'exemple d'une image bruitée.

Le bruit, c'est le remplacement d'une information provenant de l'objet par une information artificielle parasite.

Le pixel originel est remplacé par du n'importe quoi.

Alors, un logiciel (un algorithme) quelconque, peut-il retrouver l'information initiale perdue à tout jamais ? Non, c'est impossible.

En restauration archéologique le problème de l'information perdue a enfin été résolue de la manière la plus honnête qui soit.

Autrefois, on remplaçait les parties manquantes d'une image  (fresque égyptienne par exemple) par un faux dessin, imaginaire (qui utilisait quand même les couleurs utilisées pour le reste de l'image) mais totalement inventé en l'absence de connaissance de l'original.

Comment peut-on inventer un dessin qu'on n'a jamais vu ? Supposition n'est pas réalité.

Actuellement, on n'essaye pas d'inventer la partie manquante, mais on la remplace par un fond le plus neutre possible.

C'est beaucoup moins spectaculaire pour le public, mais beaucoup plus scientifique.

Le traitement d'images, sous couvert de soit disant "algorithmes  scientifico-mathématiques" se permet bien des inventions uniquement  pour plaire (A)

Avec les moyens technologiques modernes, on aurait pu reconstituer le nez du Sphynx de Gizeh, heureusement, cela n'a jamais été fait.

 

Conclusion de ce chapitre:

On ne peut pas mettre d'accord les deux visions forme et fond car elles ne s'appliquent pas à la même échelle, mais il faut être conscient en tant que partisan de l'une ou de l'autre, que les deux existent et que le chois dépend du but recherché.

 

(A) Ce qui n'a jamais été déconseillé ici , juste qu'il faut dire qu'on a un peu interprété l'image et comment.

 

 

Bien d'autres choses à dire sur le sujet, mais le temps fait défaut.

 

Je voudrais juste ajouter un type d'information non présent dans l'image statique : le mouvement . Information quand même.

SDS nous a fait comprendre par ses films toujours très bien sonorisés, l'importance du mouvement , tout aussi important que la forme, mais qui malheureusement échappe aux algorithmes ci dessus cités.

 

Amicalement.

 

 

(1) Un "programme (ou logiciel c'est pareil) de traitement d'image comprend un programme général qui est l'interface utilisateur avec ses menus , et des outils (qui sont aussi des programmes indépendants) qui exécutent chacun une tache différente en suivant leur propre recette.


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#2 Jean Marie Cavanihac

Jean Marie Cavanihac

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Posté 07 décembre 2018 - 03:29

Bonjour,

 

Tout à fait d'accord ! le "Garbage In Garbage Out" est valable pour tout traitement du signal (y compris électrophysiologique, acoustique  etc...) Le fait que l'on ait des algorithmes de traitement ne doit en aucun cas faire négliger la qualité du capteur et de plus en microscopie nous avons un critère qu'on a la chance de pouvoir maitriser : la lumière ... (intensité, couleur etc ...)

Le seul paramètre qu'on maitrise mal c'est la vitesse des ciliés !

 

Amitiés

JMC


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#3 Tryphon T

Tryphon T

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Posté 07 décembre 2018 - 03:36

Bonjours,

 

Tout à fait Jean Marie, la vitesse des Ciliés est souvent un prétexte pour utiliser un objectif moyen ou faible, et je le comprends très bien.

Cependant, il y a des solutions, la meilleure à mon avis est l'utilisation du flash et dans une moindre mesure les ralentisseurs. 

Avez-vous utilisé les graines de chia qui sont à la mode ?

 

Amicalement.


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#4 solito de solis

solito de solis

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Posté 07 décembre 2018 - 08:29

La question rendre une image plus jolie ou plus riche en informations ?

Pourquoi pas les deux ?

 

 

Deblurring ou traitement du flou... si on analyse des images obtenues d'extraits videos, donc d'objets en mouvement ou de camera en mouvement filmant des objets

 

plein d'autres techniques qui, si elles utilisent des Data, vont reconstruire aisément tous les objets que nous souhaitons voir plus riches en informations

 

http://www.cs.tut.fi/~lasip/2D/

 

Ciliés: J'ai fait des essais récemment avec de l'encre de qualité pour cartouche de porte-plume réservoir Pelikan
et j'ai remarqué que contrairement à l'encre de Chine qui dénature bien des organismes

qui ne sont pas protégés par une membrane de mucopolysaccharides, une goutte de cette encre diluée dans la goutte placée sous la lamelle couvre-objets, permet de ralentir les rotifères sans qu'ils se replient trop vite

et immobilise les ciliés. Cette encre me permet de mieux cerner les membranes des amibes Ampizonella violacea A confirmer.

SDS


Modifié par solito de solis, 07 décembre 2018 - 08:31 .

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#5 Buteo

Buteo

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Posté 08 décembre 2018 - 11:30

Bonjour.

 

À éclairage identique, et toutes choses égales par ailleurs, le bruit généré par ma caméra Paralux  de 1,3 Mpx (CCD) est plus important que celui de la Bresser 5,1 Mpx (CMOS) donc le bruit ne peut être imputable à une cause unique. 

 

Supprimer le maximum du bruit numérique du fond* pour rendre la photo plus agréable me semble normal. Pour moi c'est comme relire un texte afin d'en supprimer les fautes d'orthographe égarées : on retrouve là le principe du GIGO : si je m'efforce dès le départ de bien écrire j'ai moins besoin du dictionnaire ou du correcteur d'orthographe au moment de proposer mon texte au lecteur.

 

Cordialement.

 

Buteo

 

* je précise  : "bruit du fond", "fond" étant à prendre dans le sens qui l'oppose à "objet" présenté. En ce qui me concerne, comme dit dans un autre post, je diminue le bruit de l'objet à seulement 50% (voire moins) pour ne pas nuire à la précision. 


Modifié par Buteo, 08 décembre 2018 - 11:56 .

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#6 Tryphon T

Tryphon T

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Posté 08 décembre 2018 - 11:55

Bonjour Philippe, tous,

 

 

À éclairage identique

 

Oui ! C'est normal, cela est dû au bruit intrinsèque à la puce.

Toutes les puces (capteurs) n'ont pas les même caractéristiques.

Il ne faut pas traiter le bruit  sous prétexte que la camera est moins bonne, mais augmenter l'éclairage. Ou changer de puce.

 

Un pixel de bruit, c'est une information utile en moins !

Supprimer ce pixel ou le remplacer par n’importe quoi d'autre trompera notre cerveau mais n'ajoutera aucune information supplémentaire , elle est irrémédiablement perdue !

Supprimer le bruit, n'est pas une réponse scientifique, mais artistique.

 

Amicalement.


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#7 savant Cosinus

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    Homo sapiens microscopicus

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Posté 08 décembre 2018 - 12:31

Bonjour

..."Il ne faut pas traiter le bruit  sous prétexte que la camera est moins bonne, mais augmenter l'éclairage"... bien sûr,  il est même à noter que les caméras donnent de bien meilleurs résultats avec des niveaux de luminosité qui sont mal supportés par l'œil (à l'oculaire)… il vaut mieux se fier  à l'écran pour la luminosité.

Amicalement


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#8 Tryphon T

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Posté 08 décembre 2018 - 01:26

Re,

 

Oui, si on prend des photos (ou films) il faut régler son microscope pour l'appareil photo ou la camera et non pour l'oeil.

C'est valable pour tous les réglages,  les couleurs, la mise au point , la luminosité le contraste et le reste.

On doit apprécier tout cela sur l'écran de contrôle quand celui-ci le permet. Le mieux est sur un écran HDMI (déjà débattu) utilisé en monitoring temps réel.

Si on règle son microscope pour l’ oeil, plein de rectificatifs seront à apporter à la camera et ce n'est pas du tout logique.

Imaginez un flash ! On ne va pas laisser l'oeil à l'oculaire...

 

Amicalement.


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#9 solito de solis

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Posté 08 décembre 2018 - 01:31

@Tryphon

"Supprimer le bruit, n'est pas une réponse scientifique, mais artistique."

 

C'est fou cette permanente prétention de croire que l'artistique est l'opposé du scientifique !

Il y a des théories du champ (Gestalt) qui mettent bien en évidence que nous ne pouvons percevoir un objet quelconque sans qu'il existe un fond.

Ce fond construit aussi l'image de l'objet, ne vous en déplaise !!!

Deux taches circulaires de même dimension, l'une placée sur un fond blanc et l'autre placée sur un fond noir, ne seront jamais perçues comme étant identiques.

Evidemment si l'objet est analysé par un détecteur de fréquences, l'un sera identique à l'autre, car le fond n'interviendra pas.

Lorsque la camera filme un objet, en fonction de sa programmation, elle tient toujours compte du fond !!!

Mais quand il s'agit d'utiliser SES YEUX pour apprécier un contraste ou une mise en évidence ou un éclairage, il ne s'agit pas là que de l'artistique, mais aussi de ce qu'il y a de plus fondamental

scientifiquement parlant, dans la perception d'un objet "se détachant sur un fond"

 

Oui, je sais, je me répète, mais c'est aussi toujours le même aspect des choses qui est sur ce forum, prépondérant:

l'artistique d'un côté, (en faisant mine de s'y intéresser par pitié ou par compassion) et de l'autre cette attitude prétendument scientifique qui classe et qui met des noms, qui ajoute des détails sur chaque photo comme pour lui apporter une crédulité provoquée. Il n'y a rien de scientifique dans ce qui se passe sur ce forum !!! Ni d'artistique non plus, car je crains que ceux qui se targuent de parler d'artistique, confondent décoration et créativité.

 

Bien amicalement. 

Supprimer le bruit, n'est pas une réponse scientifique, mais artistique.


Modifié par solito de solis, 08 décembre 2018 - 01:32 .

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#10 Tryphon T

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Posté 08 décembre 2018 - 02:07

C'est fou cette permanente prétention de croire que l'artistique est l'opposé du scientifique !

 

Ce n'est surtout pas moi qui oppose les deux choses.  Sinon il faut me relire depuis le début .

Opposer évoque la lute, la confrontation d'idées dans le but que la sienne domine l'autre. Opposer évoque la violence pour que son idée domine.

Pour moi, les deux existent indépendamment l'une de l'autre et ont leur place ici.

Pour moi, il n'y a aucune opposition, aucune lute possible. 

Ceux qui veulent se battre ont à leur disposition des rings, pas ici avec moi.

Ce que je ne souhaiterais, c'est qu'on ne mélange pas les genres.

J'ai expliqué que ce n'est pas parce qu'on utilise des algorithmes dont on ne connais rien, que le travail devient pour autant scientifique.

Parfois un travail scientifique rigoureux a un certain charme.

Cela vient du fait que notre cerveau peut être rationnel, et que cela  ne lui enlèvera jamais ses autres propriétés comme le fait de ressentir des émotions ou d'être baigné d'amour, d'espoir ou de spiritualité...

On peut à la fois faire oeuvre scientifique et en éprouver des émotions ou croire en Dieu.

Il n'y a là aucune opposition mais une complémentarité à laquelle on ne peut échapper.

Un être qui n'est QUE rationnel ou QUE émotionnel est un être déséquilibré.

 

Amicalement.


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#11 Buteo

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Posté 08 décembre 2018 - 02:31

Je jette l'éponge... en espérant qu'elle ne fera pas de "bruit" en tombant.

Buteo 


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#12 solito de solis

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Posté 08 décembre 2018 - 05:39

@La science

La définition de la science ou des sciences supposerait que l'on s'épanche en de nombreuses pages. Je doute néanmoins que les algorithmes soient le propre d'une science.( surtout lorsque tu répètes avec Wikipedia qu'un algorithme produirait des résultats. UN algorithme ne produit des résultats que s'il est appliqué à un système qui le comprend et par lequel il peut interagir avec d'autres systèmes.

En soi, ce sont des discours (un langage) riches en sémantiques et nantis de sémiotiques, de symboles.

Est-ce là une science ?

 

Tu écris, cher Tryphon,

Cela vient du fait que notre cerveau peut être rationnel, et que cela  ne lui enlèvera jamais ses autres propriétés comme le fait de ressentir des émotions ou d'être baigné d'amour, d'espoir ou de spiritualité...

 

Excuse-moi Tryphon, mais le cerveau n'est ni rationnel ni sensuel, ni émotionnel, ni crédule, ni croyant, ni spirituel, ni aimant.

Tu confonds le mental avec le cerveau.

Un cerveau peut être un outil, rien autre.

Le mental est une force extérieure au cerveau. Il est l'environnement qui l'entoure et qui le fait interagir avec des économies de forces, tant pour des actions intérieures que pour des actions extérieures.

 

Ensuite, il n'y a aucune opposition entre la rationalité et une quelconque croyance, puisqu'elle en est une parmi d'autres.

 

Bien à toi 

et je ramasse l'éponge de Buteo


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#13 Tryphon T

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Posté 08 décembre 2018 - 05:53

Je jette l'éponge... en espérant qu'elle ne fera pas de "bruit" en tombant.

 

Le combat n' a même pas été envisagé, mais l'allusion est bonne .

 

Supprimer le maximum du bruit numérique du fond* pour rendre la photo plus agréable me semble normal.

 

 

C'est tout à fait légitime. 

Dans tous les cas, c'est celui qui ouvre un sujet qui a la main sur son déroulement.

C'est toi qui as initié le sujet sur le post-traitement et tu as tout à fait raison d'exposer ton point de vue .

Si j'ai ouvert un sujet en parallèle c'est pour ne pas que l'on pense que je m'oppose à ton point de vue.Mon but est d'élargir le débat en apportant des arguments supplémentaires.

Le combat de boxe, c'était pour dire qu'il n'en était pas question.

 

J'ai parlé des formes en tant qu'information. (J'avais pris le rond ou la forme géométrique d'une diatomée comme exemple) 

Si on considère que la forme est plus importante que le fond , bien entendu la diminution du bruit  (comme bien d'autres traitements. apporte un plus au sujet et si on ne l'applique que modérément au contenu de la forme, le résultat est une amélioration de la lisibilité générale..

Cette démarche ne me choque pas.

 

Amicalement.


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#14 Tryphon T

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Posté 08 décembre 2018 - 06:14

@ SDS

 

Je doute néanmoins que les algorithmes soient le propre d'une science.( surtout lorsque tu répètes avec Wikipedia qu'un algorithme produirait des résultats. UN algorithme ne produit des résultats que s'il est appliqué à un système qui le comprend et par lequel il peut interagir avec d'autres systèmes.

 

J'ai essayé de démocratiser le mot algorithme.

L'algorithme fait plus "savant" que recette de cuisine, mais c'est rigoureusement la même chose. Je te défie de démontrer le contraire.

C'est une chose très simple que j'utilise intensivement en informatique depuis plus de 35 ans et que chaque habitant de la planète (ainsi que beaucoup d'animaux) appliquent massivement à chaque instant.

L’algorithme , c'est la marche à suivre pour accomplir une action, un projet.

C'est la base de la programmation informatique, mais aussi comme je l'ai dit, de la cuisine , et n'importe quelle autre activité humaine.

La recette d'une mayonnaise, d'un muffin, est constituées d'une liste d'actions à accomplir pour que le résultat soit conforme au but recherché.

Si l'on prend des ingrédients comme le sucre, la farine, le lait, la matière grasse etc en fonction de l'algorithme utilisé, on obtiendra des pâtisseries bien différentes les unes des autres.

Pour construire un programme informatique , on dispose d'éléments que l'on appelle data, et on les organise et on exécute des actions sur elles selon une recette que l'on a élaborée pour l'occasion, et qu'on appelle pompeusement un algorithme.

Je ne comprends pas que tu puisses douter de ces définitions.

 

Pour ce qui est du cerveau et du mental, leur relation est intime .

Parler de l'un pour parler de l'autre, ce n'est pas bien grave, ils sont tellement associés et indissociables.

Je n'irais pas plus loin dans cette voie, j'en ai trop dit.

 

Amicalement.


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#15 Jean Marie Cavanihac

Jean Marie Cavanihac

    AUTEUR-MODERATEUR

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Posté 08 décembre 2018 - 06:48

Bonjour
Il y a pourtant une façon simple de diminuer le bruit qui est aléatoire et a donc une valeur moyenne nulle . Si l'on fait la somme de 16 images fixes de l'objet, le bruit total fond et objet, sera divisé par 4, sans dénaturer le signal utile..
Amitiés
JMC
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#16 Buteo

Buteo

    Batracien

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Posté 08 décembre 2018 - 07:14

Quand je dis que je jette l'éponge c'est que je me retire d'un débat qui me dépasse ou dont l'intérêt, en tant que participant, ne me semble pas frappant.

Amicalement

Buteo


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#17 Tryphon T

Tryphon T

    oooOooo

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Posté 10 décembre 2018 - 02:02

Bonjour,

 

J'ai rajouté dans le texte initial  ( http://forum.mikrosc...copie/?p=70625 )  un complément indispensable que je rappelle ci dessous.

 

Amicalement.

 

FORMES ET FOND :

Une confusion (et un désaccord) règne dans la légitimité du traitement d'image.

Les puristes diront que toute modification, toute manipulation  est une tricherie, un déformation de la réalité.

A l'opposé, d'autres diront que parfois  la réalité n'est pas assez belle et qu'il faut l'embellir (ce qui en passant est tout à fait subjectif.)

 

En fait, le scientifique peut se demander si certaines opérations sur l'image sont destructrices d'informations ou non?

C'est là qu'il faut faire la différence entre les "formes" et le "fond".

 

La forme:

J'ai expliqué que la forme est la structure générale du sujet, son aspect "périphérique" en incluant quelques détails de surface.

Une coccinelle peut se résumer à un contour et un certain nombre de points colorés. Quelle que soit l'échelle à laquelle on affiche une telle coccinelle, on reconnaîtra toujours une coccinelle et on aura l'impression que tout traitement d'image destiné à rendre le sujet le plus conforme possible à l'idée que l'on s'en fit, peut paritaire comme un bénéfice

Bien entendu pour certains objets microscopiques, les contours (les formes) sont plus variées que l'image de la coccinelle, mais entrent quand même dans ce même schéma.

Si dans une image de pelure d'oignon, on truque la photo en remplaçant une cellule par une autre, l'impression globale sera toujours la même et le truquage ne sera même pas perçu si on n'en est pas averti.

Actuellement bon nombre d'images que l'on voit dans les publicités, sont des images de synthèse et la plupart des gens n'y voient que du feu .

Et pourtant ce sont de gros mensonges sur le plan de la réalité.

Le but dans ce cas set de vendre et plus l'image est conforme à nos désirs et plus le bénéfice est grand.

 

Pour notre cerveau (je veux dire notre mental !) cette information est contenue dans la forme, toute manipulation qui conserve la forme en l'embellissant peut devenir acceptable et pour certains souhaitable.

Dans le ce cas d'école que j'ai baptisé la "forme", bien des opérations proposées par les logiciels de "traitement" d'images sont recevables.

On trafique les pixels au niveau le plus bas pour améliorer notre perception de la forme générale. 

Et les pixels eux-même, trafiqués, manipulés sont à une échelle qui échappe à notre perception. Donc invisibles !

L'information à l'échelle de la forme est conservée mais toute l'information "intime" est détruite.

 

Le fond :

 

Le fond, c'est ce qui se passe au niveau du pixel. Autrement dit, il faut voir le pixel.

Et comme les "points écran" de nos moniteurs sont actuellement de taille en dessous du pouvoir de résolution de l'oeil, on ne les voit pas quand on regarde l'écran à une distance normale. L'échelle-un ne suffit plus.

Si à chaque point-écran correspond un pixel, nous ne voyons pas l'information de l'image contenue dans le fond.

Il faut donc que chaque pixel de l'image corresponde à 4 points-image ou plus !

C'est ce que j'appelle l' Echelle UN  en fait une Echelle Un zoomée.

C'est cette conception de l'image microscopique que l'on utilise quand on travaille en Haute Résolution", c'est à dire qu'on exploite tout le pouvoir résolvant du microscope.

 

On s’aperçoit, à cette échelle,toutes les transformations apportées (ou tout le désastre) par le traitement d'image.

Toute l'information initiale est modifiée et l'information initiale est perdue. Ne subsistent  que les informations des niveaux supérieurs appelées ici formes.

On transforme une réalité précieuse en une autre réalité totalement artificielle.

Prenons l'exemple d'une image bruitée.

Le bruit, c'est le remplacement d'une information provenant de l'objet par une information artificielle parasite.

Le pixel originel est remplacé par du n'importe quoi.

Alors, un logiciel (un algorithme) quelconque, peut-il retrouver l'information initiale perdue à tout jamais ? Non, c'est impossible.

En restauration archéologique le problème de l'information perdue a enfin été résolue de la manière la plus honnête qui soit.

Autrefois, on remplaçait les parties manquantes d'une image  (fresque égyptienne par exemple) par un faux dessin, imaginaire (qui utilisait quand même les couleurs utilisées pour le reste de l'image) mais totalement inventé en l'absence de connaissance de l'original.

Comment peut-on inventer un dessin qu'on n'a jamais vu ? Supposition n'est pas réalité.

Actuellement, on n'essaye pas d'inventer la partie manquante, mais on la remplace par un fond le plus neutre possible.

C'est beaucoup moins spectaculaire pour le public, mais beaucoup plus scientifique.

Le traitement d'images, sous couvert de soit disant "algorithmes  scientifico-mathématiques" se permet bien des inventions uniquement  pour plaire (A)

Avec les moyens technologiques modernes, on aurait pu reconstituer le nez du Sphynx de Gizeh, heureusement, cela n'a jamais été fait.

 

Conclusion de ce chapitre:

On ne peut pas mettre d'accord les deux visions forme et fond car elles ne s'appliquent pas à la même échelle, mais il faut être conscient en tant que partisan de l'une ou de l'autre, que les deux existent et que le chois dépend du but recherché.

 

(A) Ce qui n'a jamais été déconseillé ici , juste qu'il faut dire qu'on a un peu interprété l'image et comment.


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#18 solito de solis

solito de solis

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Posté 10 décembre 2018 - 04:49

@Tryphon

 Avant de t'avancer quelques arguments sur le fond et la forme?

 je me soulage en insistant sur le fait que tu peux faire ce que tu veux en HD en prétendant dessiner une ligne courbe ou même une ligne droite, la ligne courbe et la ligne droite seront toujours des assemblages de pixels quadrangulaires.

Des carrés... qui se suivent et qui forment une courbe...mais observés de près, le fond et la forme se confondent à leur lisière. Il n'y a pas de délimitation sérieuse. 

N'est-ce pas là un mensonge  perceptif ?

Mais tu auras raison si tu me dis que lorsqu'on regarde à la loupe ou au microscope une circonférence dessinée à la plume ou au crayon, même très finement, on pourra constater que la ligne n'est pas régulière !

Scientifiquement parlant, je dirai que chaque point de la circonférence NE RESPECTE PAS la fonction algébrique de la circonférence, le rayon tracé depuis ce point jusqu'au centre aura des variations statistiques.

D'autre part, pourquoi penser que la Science ou les sciences manipulent des INFORMATIONS ?

 

J'opterais plutôt pour dire que La technique manipule des informations. La Science les a imaginées possible. par des raisonnements qui sont corroborés par des expériences prévues pour les corroborer.

De nos jours, l'information est devenue coqueluche, cybernétique oblige.

En quoi l'étude de la logique ou l'algèbre non-linéraire, l'expérimentation chimique de la paillasse, l'observation des chimpanzés ou des gorilles, sont-elles des sciences de l'information ?


Modifié par solito de solis, 10 décembre 2018 - 05:00 .

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#19 savant Cosinus

savant Cosinus

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Posté 10 décembre 2018 - 05:32

Bonjour,

Je me sens responsable ayant le premier mis en doute l'utilité de "post traitement" ( ne vous inquiétez pas, je supporte très bien  B) ); aussi pour éviter d'être submergé par un grand nombre d'éponges et éviter de faire fuir nos lecteurs par la complexité du débat, je conclurai…  en rappelant que mon idée première était toute simple :

… étant donné que nous sommes souvent frustré par le peu de nos connaissances , il ne faut pas penser que le post traitement ajoute quelque chose de "scientifique" à l'observation, et le fait de manipuler avec brio Photoshop n'a jamais fait un chercheur…  :rolleyes:

et comme je l'ai déjà dit, les vrais interviennent sur l'objet, par sur l'image.

Amicalement

Cosinus


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#20 Tryphon T

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Posté 10 décembre 2018 - 05:58

@ SDS

 

L'univers es-il continu ou discontinu?

Tout dépend à quelle échelle on le regarde.

 

Si tu regardes une ligne courbe (un cercle) de manière que ses défauts de courbures soient plus petits que le pouvoir séparateur de l'oeil, le cerveau (ou le mental si tu préfères) verra un cercle parfait.

Si tu fais en sorte que tu regardes le même cercle avec un instrument grossissant tu verras le cercle avec avec un autre pouvoir séparateur plus fin et des détails qui viendront anéantir la bonne harmonie du cercle que tu croyais parfait , vont apparaître.

C''est ainsi que le microscope nous révèle les secrets cachés de l'univers matériel.

 

C'est bien pour cela que si tu "trafiques"  des pixels que tu ne vois pas avec un logiciel , tu peux rendre plus parfait un cercle qui ne l'est pas tout à fait pour la plus grande joie de ton mental.

Mais si tu vas voir de plus près, au niveau du pixel donc, ce qu'a fait le logiciel (que certains appelleront algorithme) , horreur, sous prétexte de reconstituer un cercle parfait qui te plait de loin, il a chamboulé tout le reste ! 

Si dans une image qui a un nombre fini de pixels , chacun a sa place repérée par des coordonnées cartésiennes, si tu rajoutes des pixels tout contre le cercle pour en renforcer le contour pour qu'il plaise à ton regard, comme le nombre de pixel dans l'image est fini (fixe), c'est que tu les aura remplacé une information .originelle par une information "artefactée", fausse.

 

L'information initiale contenue dans l'image est modifiée, l'image n'est plus conforme à la réalité qu'elle représentait au début .

Tu enlèves de l'information à un niveau bas pour renforcer la perception que tu as à un niveau supérieur

Mais dans les deux niveaux considérés, l'information sera malmenée, modifiée, et correspondra mois à la réalité initiale qu'au début.

 

Pourquoi vouloir tout le temps que les informations délivrées par le microscope paraissent plus "jolies"  que ce qu'elles sont?

A mon avis, il vaut mieux travailler l'image  avant la prise de vue qu'après.

Mais ce n'est que mon avis.

 

Amicalement.


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#21 Tryphon T

Tryphon T

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Posté 10 décembre 2018 - 06:10

@ cosinus,

Chacun a le droit de dire ce qu'il pense sans culpabiliser.

Le ring, s'il y a ring,  tout comme le cercle du débat, n'est que virtuel.

 

Amicalement.


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#22 solito de solis

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Posté 11 décembre 2018 - 04:51

#Tryphon

Je ne comprends pas bien la nuance entre fonds et forme dans tes explications.

La forme c'est la coccinelle et le fond c'est ce qui se passe au niveau du pixel ?

Je pense que débattre sur le fond et la forme demanderait des jours et des sites entiers de documentation pour les comparer, les différencier ou les unir.

Tout au fond se résume, si on prend un recul évident, à une discussion entre PERSONNES, entre SUJETS.

Et toute science dont on débat mentalement est créée par des humains avec des règles humaines et des lois humaines avec une logique humaine et un mental humain.

L'objectivité de la science est un leurre car il n'y a que des machines qui peuvent analyser des données et tirer des conclusions qui ne soient pas "humaines".

Dans ce sens, il y aura toujours une subjectivité qui interprétera une nature inaccessible au mental.

 

SI je vais plus loin... le fond sur lequel se détache la forme... dans le cadre d'une image digitale est UN, il n'y a ni coccinelle ni environnement.

Il y a des informations éventuellement qui différent d'un pixel à l'autre, mais il n'y a pas de coccinelle ni d'environnement.

Notre mental s'engage à y voir une différence et à interpréter les variations comme étant des contours ou des formes et donc des objets.

 

Métaphysiquement, aujourd'hui, alors que les études sur la conscience pullulent et qu'elles déterminent de plus en plus que la conscience est extérieure au cerveau et que c'est l'objet qui détermine le sujet.

Le sujet étant alors l'objet de l'objet. La forme étant ce qui détermine le fond et le fond ce qui objectivise la forme

La science, les sciences sont une affaire de conscience et non de détermination historique des choses selon les habitudes, les coutumes, et surtout les exigences de la continuité du mental.

 

L'univers n'est ni continu, ni discontinu, cher Tryphon.

Il n'existe pas ailleurs que dans ta perception qui ne le touche même pas, mais qui ne perçoit que SON MONDE qui se limite à un horizon, très proche et conditionné par la structure mentale individuelle.

L'univers tel qu'on nous le propose est une affabulation consensuelle.

En quoi l'univers tel que l'humain le décrit est-il plus intense, plus valable, plus intelligent, plus vrai que l'univers que pourrait percevoir une paramécie ?

 

Forme et fonds sont des interprétations mentales propres à l'intellect (le mental d'abstraction ou d'économie de forces) cette partie du mental qui divise et pose des questions et dont il se fout des réponses, puisque sa survie implique qu'il ne soit jamais satisfait des réponses définitives, qui mettraient alors

fin à son existence.(je parle bien du mental comme étant un réseau de forces EXTERIEUR au cerveau)

 

Je cesse ici donc de pondre des mots sur ce sujet en insistant que chacun à la liberté de créer SA PROPRE SCIENCE, sa PROPRE CONNAISSANCE et de la proposer aux autres sans pour autant décider impérieusement qu'il n'y a que cette vision des choses qui soit réelle.

Mais j'insiste encore sur le fait que ces sciences qui sont vos références lorsque vous défendez des propriétés de la lumière ou de la physique sont des modes temporellement utilisés pour interpréter les phénomènes perçus par les humains pour assurer leur survie.

 

Et donc elles imposent leur éthique !!! 

Ce qui est à mon sens et j'en prends la responsabilité totale, UNE DICTATURE.

Et derrière cette dictature, il y a LA PEUR.

 

 

Alors c'est quoi le mental qui joue avec le post-traitement, même pour les puristes qui se défendent par souci de péché ?

Un exemple simple :

Un choeur de chanteurs qui interprète une partition d'un symphonie de Mahler, une assemblée de corbeaux qui croassent sur les banians de mon Inde bien-aimée, le son émanant des battements de ton coeur

sont lors de leur production des vibrations de l'air qui ne sont pas différentes sinon par leurs fréquences et leurs harmoniques.

Le mental intervient ensuite en interprétant et en classant, en accordant des préférences.

Et ce mental crée le monde, les corps, les sujets et les objets.

 

 

 

amicalement

SDS


Modifié par solito de solis, 11 décembre 2018 - 05:07 .

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#23 Tryphon T

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Posté 11 décembre 2018 - 05:31

Je ne comprends pas bien la nuance entre fonds et forme dans tes explications.

C'est pourtant très simple.

 

Le fond de l'image (1) c'est la mosaïque de pixels qui la composent.

Si tu touches, traitement d'image, à un seul de ces pixels tu détruis l'information qu'ils portent.

La forme (1), elle, se situe à un niveau supérieur dans lequel les pixels ne sont pas visibles.

On peut donc leur appliquer un traitement qui aura pour but de souligner la forme pour la rendre plus agréable ou plus utile.

Les pixels, l'information de base, seront  chamboulés  et l'information de base détruite.

 

Pour bien comprendre la chose imaginons une expérience.

Je tire une photo numérique de La Joconde.

A bonne distance, quand je regarde ma photo, je vois bien son portrait  et je ne vois pas les pixels.

Je me transporte maintenant au niveau du pixel :  première constatation, je ne vois plus La Joconde (la forme) 

J'ai décidé de prendre le 3ème pixel de la deuxième  rangée et je le modifie en lui attribuant la couleur X . Puis je vais au pixel N° 1234 le la rangée 2312 et lui attribue la valeur Y . Et ainsi de suite jusqu'à composer une séquence bien précise dont je range la copie en lieu sûr sous forme de tableau. J'ai donc codé une information au niveau du fond. (Cette information peut être un bon moyen de "signer" une photo ou d'y crypter un message.

Si je retourne au niveau supérieur, La Joconde apparaît, et comme à ce moment là les pixels ne sont pas individuellement visibles, je ne peux pas savoir que l'information de base (du fond)  a été modifiée. De toute façon l'information n'est pas directement decryptable sans le tableau.

Maintenant le fond contient une nouvelle information !

Cette information, je peux la retrouver en allant lire les emplacements décrits dans mon tableau stocké en leu sûr.

Mais elle disparaîtra au moindre traitement d'image. CQFD. 

 

Amicalement.

 

 

(1) Il y a plusieurs niveaux d'information dans une image. L'information basique et les informations de niveau supérieur.

En analysant comment une image peut stocker de l'information, je me suis aperçu qu'il était impératif, sous peine de ne rien comprendre, de faire la différence entre l'information contenue au niveau le plus bas que j'ai appelée le fond et l'information qui ne peut être révélée que si on prend du recul , c'est à dire si on fait disparaître le fond en se mettant à une distance où les pixels sont inférieurs en taille au pouvoir séparateur de l'oeil . Cette dernière information , je l'ai baptisée forme.

Si l'image est suffisamment grande, on peut imaginer qu'il y a un nombre infini de niveaux de formes. A chaque nouveau niveau, les formes du niveau inférieur disparaissent.

C'est simple non ?


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#24 solito de solis

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Posté 11 décembre 2018 - 05:39

OK, je vois ta nuance entre fond et forme, 

Alors je te pose la question, quelle est la réalité du fond si tu possédais une vision encore plus aigue .

Le fond dont tu parles est une forme pour la matière atomique et il est une vision de niveau supérieur par rapport au domaine des réseaux d'atomes

De la même façon, tu peux alors considérer que la forme de la coccinelle, parmi son environnement est un fond pour une vision supérieur, telle que celle d'un satellite

L'image en soi n'existe que sur le plan ou niveau où tu te places, mais dans l'absolu

Il n'y a ni fond ni forme, seulement des référentiels ou de la relativité

Et donc, un matraquage mental qui permet de se situer

SDS


Modifié par solito de solis, 11 décembre 2018 - 05:40 .

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#25 Tryphon T

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Posté 12 décembre 2018 - 03:20

OK, je vois ta nuance entre fond et forme, 

Alors je te pose la question, quelle est la réalité du fond si tu possédais une vision encore plus aigue .

 

Le fond de l'image microscopique  dont je parle ici  est ce que nous donne le microscope équipé d'un capteur numérique.

Le capteur reprend l'image fournie par l'objectif qui est limité par son pouvoir de résolution.

La réalité du fond est celle fournie à son plus bas niveau par l'objectif.

Une vision plus aiguë n'y changera rien, l'oeil dans ce cas de figure arrive en troisième position .

Si on veut un autre fond, plus détaillé, il faut un objectif de meilleure résolution.

Le problème c'est qu'avec les photons comme vecteurs d'information, nous butons sur la limite d' Abbe qui fait intervenir la longueur d'onde de la lumière utilisée.

Les meilleurs objectifs atteignent cette limite et on peut mettre tous les traitements d'image derrière, cela n'y changera rien.

A ce niveau l'oeil est totalement dépassé !

Tout le monde sait que si on veut connaitre des détails encore plus fins il faut utiliser des électrons et non des photons, c'est une autre microscopie.

 

Amicalement.


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