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Reconnaissance automatique


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4 réponses à ce sujet

#1 Guillaume Fagot

Guillaume Fagot

    Nucléotide

  • Membre confirmé
  • 30 messages

Posté 27 février 2006 - 05:04

Bonjour,

Je suis impressionné par la qualité d'information du forum et le rassemblement de compétences permis par cet outils.
Je souhaitais savoir si des projets avaient vu le jour pour permettre la reconnaissance automatique de nos amis les microbes.
Puisqu'on branche l'ordinateur au microscope, j'imagine que des projets de reconnaissances automatique
on pu voir le jour. Ne serait ce que pour faire de l'analyse en routine dans les labos de l'ifremer?
Ca peut sembler compliqué mais je pense qu'on pourrait avoir des logiciels qui permettent au moins de faire une classification aboutie du type de protistes ou d'unicellulaires.
(des techniques de classification automatique permettent ainsi avec un bon niveau de réussite de savoir si un grain de beauté est au mieux de sa forme ou si il risque de se transformer en mélanome - l'ordinateur se substituant alors à l'oeil de l'expert)
Je pense que le champ de réponse sur ce sujet est assez vaste et ma question peut être candide, j'espere que ce sujet de discussion sera intéressant.

Cordialement

Guillaume
  • 0

#2 Dominique Voisin

Dominique Voisin

    AUTEUR-MODERATEUR

  • Superviseur
  • 3 141 messages

Posté 27 février 2006 - 05:42

Bonjour Guillaume,

En effet de tels projets existent ne serait ce que pour le sujet qui me passionne le plus : Les diatomées c'est ici : ADIAC: Automatic Diatom Identification And Classification

Mais bien sur c'est en anglais.... ;)

Pour le reste je ne sais pas, mais j'entend déjà répondre (et ils ont raison...) "l'identification n'est pas un simple rapprochement visuel de formes..."

On peut le faire sur des choses très spécifiques comme pour les diatomées mais de la à rêver d'un logiciel capturant les images de la Webcam et te disant "ceci est une Micrasteria americana"... là il y a encore du boulot et le cerveau humain avec sa mémoire à encore de beau jour devant lui :lol:

Sans compter qu'une partie non négligeable du plaisir de la microscopie se passe dans les bouquins ou sur le Net pour découvrir ce qu'on a jamais vu et qu'on ne verra peut être jamais... (mais ça c'est MON avis...)

Amicalement

Dominique

#3 Michel

Michel

    Homo sapiens microscopicus

  • Membre confirmé
  • PipPipPipPipPipPipPipPipPipPip
  • 8 671 messages

Posté 27 février 2006 - 06:21

Bonjour Guillaume,

Je souhaitais savoir si des projets avaient vu le jour pour permettre la reconnaissance automatique de nos amis les microbes.

Vaste problème !

La première question à se poser est de savoir quel en serait l’intérêt.
La seconde est de savoir si les résultats seraient fiables.
La troisième ; quel en serait le coût ?
Ensuite quels sont les moyens connus à mettre en œuvre pour satisfaire ce projet ?

D’abord des précisions sur ta question sont indispensables.
Cette reconnaissance se ferait sur des photos déjà prises et sur des échantillons déjà préparés ou bien en direct dans un prélèvement ?

S’il s’agit d’observation en direct, cela me parait totalement impossible.
La Nasa envoie des laboratoires automatiques pour déterminer la présence de signes de vie sur les astres lointains en se basant sur l’analyse chimique de quelques éléments, s’il s’agissait d’inventorier une faune ou flore exotique, elle enverrait des humains tant les problèmes à résoudre seraient grands.

Dans la mesure où la lame est déjà bien ciblée et préalablement préparée (étalement, colorations spécifiques) on peut confier la reconnaissances de formes en les comparant à une bibliothèque de formes déjà connues à un système expert faisant ou non appel à l’IA (Intelligence Artificielle). C’est le cas pour les automates de détermination des formules sanguines, le comptage de germes dans le lait ou similaire. En biométrie on utilise les mêmes algorithmes de comparaison de formes entre un sujet à identifier et une base de données.

Mais ces procédés ne sont pas applicables à la recherche chaque fois que l’on ne sait pas a priori ce que l’on recherche ce qui serait le cas de prélèvements directs dans la nature.

L’IA n’a fait aucun progrès ( y en a-t-il même à attendre ?) depuis sa conception, seule la progression des moyens de calculs en fait un outil plus puissant que par le passé, mais il ne faut pas rêver la simulation d’un cerveau humain n’est pas à sa portée.
A mon avis, il te vaut mieux compter sur ton apprentissage personnel des différentes bestioles que l’on peut rencontrer sous le microscope et ceci à travers les ouvrages (ou le forum) que de compter sur une hypothétique machine qui le ferait à ta place, d’autant plus que je ne vois pas quel en serait le plaisir.

Depuis le début de l’informatique j’entends se plaindre les gens qui ne savent pas taper sur un clavier, qu’il faudrait inventer un système qui évacuerait ce lourd apprentissage (qu’ils disent !) cette interface n’est toujours pas au rendez-vous. Pour les magnifiques programmes qui feraient la même chose avec nos microscopes nous privant même du plaisir de la découverte, je ne leur voit aucun avenir dans le mondes des amateurs que nous sommes (amateur vient du verbe aimer...)

(des techniques de classification automatique permettent ainsi avec un bon niveau de réussite de savoir si un grain de beauté est au mieux de sa forme ou si il risque de se transformer en mélanome - l'ordinateur se substituant alors à l'oeil de l'expert)


Justement ici le problème est différent du problème de départ, il en est même diamétralement opposé.

Un expert est quelqu’un de très spécialisé, tout comme un système expert, sorti de son contexte, il se trouve aussi démuni qu’un profane.
Des machines automatiques ne me convient pas si je sais que mon pronostic vital dépend d’un « bon niveau de réussite » ! Je ne connais aucun médecin qui se laisseraient remplacer par une machine chaque fois qu’un pronostic vital est en jeu, ce qui n’est pas le cas avec les automates en hématologie (le sujet a déjà été traité).

Ne mélangeons pas tout et sachons rester des explorateurs d’un monde merveilleux, on n'a pas besoin d'une telle machine, on n’est pas aux pièces !

Cordialement.
  • 0

#4 Guillaume Fagot

Guillaume Fagot

    Nucléotide

  • Membre confirmé
  • 30 messages

Posté 27 février 2006 - 10:37

Bonsoir,

Merci de vos interventions sur le sujet de la reconnaissance automatique.
Mon point de vue est essentiellement pratique, je pense que l'on peut attendre de la reconnaissance automatique des avantages qui permettront de faire progresser non seulement l'analyse en milieu industriel mais aussi la recherche scientifique.
Si il y a encore de nombreuses formes de vie microbienne à découvrir, je pense qu'il est utille d'utiliser des outils permettants de travailler vite. De tels outils permettent d'analyser rapidement des milieux succeptibles d'heberger des formes de vie différentes. Au lieu finalement de partir à la recherche de microbes en piochant au hasard, il serait peut être plus efficace de donner à un système informatique les capacités de classer au moins par grande catégorie les êtres microscopiques présents dans un échantillon.
La systématisation de la technique peut sembler un peu brutal, mais cela permettrait de se concentrer sur ce que le système ne serait pas capable d'identifier.
Nous aurions alors là un moyen de trouver plus rapidement des éléments que nous n'avions pas encore identifier.
Je conviens que le but de ce forum est d'avant tout échanger des techniques et des observations d'une manière conviviale et le concept est très bon.
Mais en même temps que biologiste (de formation), je suis informaticien et vu la quantité importante de données que la nature peut nous réveler je suis très tenté d'utiliser l'outils informatique. Ne serait ce que pour le bienfait de la démarche qui permet de modéliser et donc de bien comprendre la classification de ces êtres vivants.
Je vais aller me renseigner plus sur ce site, merci beaucoup du lien Dominique.
ADIAC: Automatic Diatom Identification And Classification
ADIAC

Je suis encore un néophyte au niveau de la pratique du microscope, peut être par la suite je changerais d'avis et serais plus enclin à faire une recherche de maniere moins systématique.

Cordialement
Guillaume

PS A propos de la reconnaissance des tumeurs de la peau...

Des machines automatiques ne me convient pas si je sais que mon pronostic vital dépend d’un « bon niveau de réussite » ! Je ne connais aucun médecin qui se laisseraient remplacer par une machine chaque fois qu’un pronostic vital est en jeu


Dans ce cas le pronostic du médecin est de 75% bon, le pronostic pour la machine est aussi bon. Bien sûr le médecin ne prendra pas de risque et opérera, mais le systéme informatique mis au point permet à un généraliste d'alerter un dermatologue d'une maniére efficace.
unité UMR_S 678
www.imed.jussieu.fr puis aller dans "les equipes de l'unité" -> equipe 4.
  • 0

#5 Michel

Michel

    Homo sapiens microscopicus

  • Membre confirmé
  • PipPipPipPipPipPipPipPipPipPip
  • 8 671 messages

Posté 28 février 2006 - 12:00

Bonsoir Guillaume,

Ma réponse au sujet de la recherche sur l’évolution vers la malignité des tumeurs cutanées mérite une petite précision. J’ai lu avec un grand intérêt, le sujet de recherche d’Alex Nkengne (U678 ), il peut certainement apporter une aide au diagnostic, mais je vois mal un généraliste au sein de son cabinet se substituer à un dermatologue grâce à un tel outil. D’autre part l’expertise se fait à partir de photographie numérisée ce qui conviendrait bien dans une démarche de télémédecine mais qui ne remplacera pas la vision directe et binoculaire d’un dermatologue.

Pour ta vision sur la reconnaissance automatique de la vie microbienne je suis totalement sceptique (sans jeu de mot), pour la bonne raison que l’on ne reconnaît pas, par exemple, une bactérie par son seul examen au microscope.
D’autre part la diversité des formes de vie dans un échantillon d’eau stagnante est déjà incompatible de part la différence de leur taille avec une analyse globale informatisée.
Je le répète souvent, à part quelques exceptions comme les frustules de diatomées, le diagnostic d’une espèce microscopique ne se suffit pas d’une simple comparaison d’images. Il faut souvent aller activement chercher le détail significatif en utilisant toutes les ressources de la microscopie comme les différents modes d’éclairage ou les techniques de coloration.

Je suis encore un néophyte au niveau de la pratique du microscope, peut être par la suite je changerais d'avis et serais plus enclin à faire une recherche de manière moins systématique.


Cette démarche est certainement très intéressante, mais je crois qu’il y a trop d’obstacles pratiques pour qu’une telle recherche systématique aboutisse un jour. Je suis prêt à parier, comme tu l’envisages déjà, qu’avec la pratique, la microscopie te la fera voir sous un angle totalement différent.

Quoi qu’il en soit c’est toujours une vision neuve du monde qui fait avancer la science, alors peut être que quelque chose de nouveau en sortira.

Curieusement.
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