Mais je profite de cette desmidée pour ouvrir un débat sur l'intérêt et les limites du stacking en microscopie.
Bonjour Pierre,
Le mot stacking :
Le stacking, en fait Focus Stacking est un mot anglais qui se traduit bêtement par " empilement de mises au point " (Wikipédia ).
Par paresse, par snobisme, on emploie des mots anglais qui ont leur équivalent en français et cet équivalent, vaut bien, quand il est bien choisi, l'original ! Non?
La traduction de Wikipedia, jamais utilisée dans la pratique, " empilement de mises au point" est un peu lourde comparée au simple stacking qui lui, se traduit quand on veut faire court par empilement , et en français toujours, le résultat d'un empilement est une pile ! comme une pile d’assiettes par exemple.
Alors si on veut faire court (parce qu'on est avare de sa salive ou parce qu'on est pressé), à mon avis il vaut mieux dire pile que Stacking.
La phrase deviendrait : l'intérêt et les limites des piles en microscopie.
Mais en fait, ici, on ne fait que de la traduction, or il existe déjà un terme en microscopie , comme je l'ai rappelé ici à plusieurs reprises, pour désigner un "empilement de mises au point". Ce procédé est utilisé depuis fort longtemps en microscopie électronique en transmission, car en MET la profondeur de champ est dramatiquement plus réduite qu'en microscopie photonique (MP) , et cela s'appelle faire des "Séries focales" Et tous les MET sont munis d'un bouton qui permet de faire des "séries focales"
On peut même imaginer si on est amateur de sigles, ESF pour empilement de séries focales.
Maintenant ne croyez surtout pas que le mot stacking me dérange , chacun parle et écrit comme il veut, l'essentiel est que nous nous comprenions. Toutefois, je ferais remarquer que notre pays qui est le plus visité au monde (à vérifier quand même, car quand on a la-plus-belle-avenue-au-monde , on peut avoir des doutes ) nous avons une langue d'une très grande beauté , et que si nous voulons que les petits enfants de nos petits enfants puissent comprendre les écrits que nous leur laisserons, il ne faudrait pas que la majorité de nos mots d'aujourd'hui aient été remplacés pas des mots anglais, arabes ou chinois... Conservons notre patrimoine linguistique dans toute son authenticité. 
La methode :
Elle consiste à faire des séries de photos en modifiant régulièrement la focale (la mise au point) et ensuite à les empiler après fait disparaître les parties floues (hors focale).
Ainsi, seules les parties nettes subsisteront augmentant la profondeur de champ finale.
OK, cela marche bien pour un melon !
On ne conservera du melon que des cercles ce plus en plus grands, toujours nets, et la reconstitution donnera un melon net de haut en bas.
Je développerais plus loin, mais en microscopie, on ne photographie pas des melons.
Je ferais remarquer que comme le melon est une quasi sphère, le fameux stacking ne dépassera jamais l'équateur du melon !
Je dirais que cette technique est conçue pour des objets opaques, ne laissant voir que leur surface
En microscopie:
Nous sommes des micrographes et nous savons bien que nous n'observons pas des melons (quelquefois certains objets opaques leur sont toutefois assimilables) et que la plupart du temps, les objets sont transparents et que le pouvoir pénétrant du microscope, allié à sa faible profondeur de champ, permet de voir des structures cachées par d'autres structures supérieures ! C'est comme dans un melon, on voyait l'écorce et les pépins, sans l'ouvrir bien sûr !
Alors les algorithmes conçus pour des melons, ne peuvent pas fonctionner pour des cellules ! En fait, si, ils fonctionnent, mais , c'est comme si on prenait un tournevis pour écrire ...
Conclusion : (qui n’engage que moi)
Le stacking (pour vous faire plaisir !) montre vite ses limites en microscopie, pour la bonne raison que dans 90% des cas, il n'est pas fait pour çà !
Alternative :
Tout comme le dessin au microscope qui intègre des détails qui ne sont pas vu en même temps sur les mêmes plans, il existe la même solution en utilisant les logiciels de retouche d'images .
Amicalement.
