Matériel pour identification diatomées

[Invité Stéphane PETITJEAN *]

Bonjour,

 

je suis hydrobiologiste et durant mes études, j'ai pratiqué la détermination de diatomées pour l'analyse environnementale. Je travaille actuellement dans une association qui souhaiterait se doter de matériel permettant de réaliser des analyses de type IBD, IPS... Je souhaiterai donc connaitre l'avis de spécialistes concernant l'achat d'un matériel de microscopie permettant une détermination précise (famille? genre ? espèce ?). Par ailleurs, je me rapelle avoir utiliser une résine de fixation nommée NAPHRAX, où puis-je me la procurer???

 

D'avance merci pour vos réponses et bravo pour le forum qui est très instructif.

 

Stéphane PETITJEAN

[Tryphon M]

Bonjour Stéphane,

 

Je ne fais pas partie des « diatomistes » du forum, mais je peux commencer à vous répondre en attendant d’autres réponses de membres.

Pour l’observation des diatomées, il suffit d’un microscope simple mais sérieux, pas besoin d’un très gros matériel, pourvu qu’il soit pourvu d’un objectif à immersion 100 X et d’un bon système d’éclairage.

Qui dit étude des indices IBD, IPS, suppose donc un travail long et sérieux qui nécessite un microscope d’une bonne ergonomie.

Voir ce lien * à titre d’exemple, ce n’est pas une publicité (!) et de nombreux microscopes de cette catégorie (microscopes pour « amateurs éclairés ») feraient l’affaire. Bien entendu il existe des microscopes des grandes marques de l’optique, cependant, ils coûtent généralement plus cher mais offrent des possibilités d’extension pour certains beaucoup plus grandes.

 

N’hésitez pas à nous poser d’autres questions.

 

Cordialement.

 

 

* http://forum.MikrOscOpia.com/index.php?showtopic=3048

[Dominique Voisin]

Bonjour Stephane,

Là tu touches à mon dada... j'ai certainement plein d'infos qui pourrait t'interesser on verra ça plus tard....

 

Un des problème de l'IBD c'est qu'il faut être en capacité de reconnaitre les 209 taxons référencés et même plus pour les taxons apairés au niveau du genre, il y a rarement de problème en revanche au niveau de l'espece et des variétés là ça se corse, la distinction se fait quelque fois sur d'infimes détails.... la différence d'autoécologie des différents taxons peut être telle qu'on réfléchis aujourd'hui à l'ouverture de l'IBD à plus de 400 taxons afin de réduire les marges d'erreur d'appréciation.

Tous ceci pour dire qu'une extrème qualité d'identification est impérative pour avoir des résultats significatifs et réelement corellés à une des sept classes de qualité de l'eau étudiée ce qui implique d'une part une documentation sèrieuse et d'autre part un matèriel performant.

 

le calcul de l'IBD se faisant sur la lecture d'au moins 200 frustules, il faut passer quelques heures à observer et identifier pour effectuer le comptage, le coté ergonomique du microscope doit donc être particulièrement pris en compte, le binoculaire est quasiment indispensable. Il est inutile de soigner particulièrement sa gamme d'objectif sauf concernant le x100 qui doit être le plus qualitatif possible. Tous les comptages doivent être faits au x100.

 

Si le budget le permet, le contraste de phase est souvent très pratique (toujours au x100) pour différencier deux taxons proches, le mieux étant bien sur le contraste interférentiel, mais là on ne joue plus dans la même cour....

 

Le lien donné par Michel montre un matèriel tout à fait correct pour cette utilisation mais bien sur il y en a bien d'autres...

 

Pour le Naphrax, il semble qu'il n'y ait plus que Brunel en Angleterre qui en fournisse, ils vendent par correspondance sans problème

 

Au plaisir de te lire

 

Dominique

[Invité Stéphane PETITJEAN *]

D'abord, merci à vous deux pour vos réponses si précises et si instructives.

Grosso modo, j'ai déjà déterminé au genre, avec l'ouvrage de Rumeaud et coste et avec l'aide d'un diatomiste de CLermont-Ferrand. Ca m'avais extrêmement passionné. le seul hic, c'est que j'avais à ma disposition un labo tip-top, ce qui n'est pas (encore) le cas actuellement.

Donc je cherche, une flore précise (j'ai pensé à la flore de Germain...) et du matériel qui n'ai pas besoin d'être changé de sitôt... quitte à y mettre un peu plus cher !!! C'est vrai que pour le genre, un 100 à immersion convenait parfaitement. Mais pouir l'espèce, le x100 suffit ??? sans faire de pub

Par ailleurs, je voulais savoir si vous aviez des données ("études scientifiques...) sur le biais d'échantillonnage et/ou de comptage. Par exemple, je m'étais aperçu que sur une lame avec 250 à 300 frustules, le sens de comptage (haut vers le bas ou bas vers le haut) pouvais modifier les résultats. De la même manière, y at-il déjà eu des publications scientifiques concernant le biais d'échantillonnage (qui dans la norme IBD laisse uen part de subjectivité). Par exemple,pour un même couple substrat vitesse, quel est l'impact de l'éclairement (présence ou absence de ripisylve) ?Est-ce que les communautés vont être modifiées de ce fait ?

 

Ensuite, j'aimerai connaître l'application concrète de l'IBD et ses extensions... en effet, je suis très "prudent" en général avec les "indicateurs" qui à mon goût sont souvent uniquement destinés à satisfaire le désire de la note sur 20 de la part des élus... Par exemple, actuellement, on ne peut se contenter d'une note IBGN pour caractériser un milieu. On va souvent beaucoup plus loin dans l'analyse... de même pour l'IPR qui contrairement à l'IBGN, à l'IBD et à l'IBMR n'est basé sur aucune donnée scientifique publiée... Cet indice ne correspond vraiment à rien... Du moins, ça reste un avis très subjectif.

Cette parenthèse refermée, je voudrais savoir si, pour exploiter et tirer le maximum d'informations sur le compartiments diatomées, existent-il des données plus intéressantes que la simple note IBD. Par exemple, de façon similaire à ce qui se fait pour les invertébrés, peut on aborder les traits biologiques ou écologique de telle ou telle espèce ? Dans un tel cas, et ça deviens alors vraiment très intéressant, auprès de quels spécialistes se tourner (peut être vous tout simplement?). Je connais D. Sargos à CLermont, et j'ai eu des contacts avec Michel Coste et Juliette Tison du CEMAGREF de Bordeaux.

 

Voilà, j'ai été un peu long, mais comme je trouve votre forum plus qu'intéressant (il mériterait un lien chez bien des acteurs de l'eau : agences, CG, CR...) j'en profite pour vous demander pas mal de choses.

 

Salutations.

 

Stéphane PETITJEAN

[Dominique Voisin]

Bonsoir Stephane,

 

Bon si tu as des contacts avec le CEMAGREF de Bordeaux et Michel Coste, je pense que tu cotoies le Must en matière d'IBD et nous n'avons sans doute pas grand choses à t'apprendre mais c'est plutôt à toi de nous en conter...

 

Ceci étant dit, je suis près à être en contact avec toi de façon plus personnelle étant assez attiré vers les problématiques de l'IBD, les questions que tu poses me semblent assez pointues pour que les réponses passent tout simplement par nos propres expèrimentations il y a par exemple certainement des incidences liées à la présence / absences de ripisylve mais c'est bien pour cela que la notion de "station" est définie dans l'IBD comme étant de 10 fois la largeur du lit étudié afin de limiter les phénomènes d'ombrage sur une partie du cours d'eau, cela mériterait une petite étude de prélèvement sur des substrats proches mais avec des conditions d'éclairement différents.... à ma connaissance il n'y a aujourd'hui pas de réponse à cette question et l'étudier serait sans doute une avancée dans la connaissance des paramètres qui font varier l'IBD.

 

concernant la détermination il est évident que la flore de Germain est une base interessante mais enormément de taxon ont changé de noms... dans la révision de l'IBD de 2006 on estime que l'evolution de la systématique a conduit au renouvellement de 40% des dénominations de taxons retenus en 2000 !!! donc par rapport à un ouvrage de 1981 !!!

 

Le Süsswasserflora von Mitteleuropa de Krammer et Lange-Bertalot est certainement plus précis mais le prix des 4 tomes sur les Bacillariophycaee est vraiment prohibitif.

 

Personnellement, bien que possedant ces ouvrages, je replonge dans les publications du CEMAGREF pour affiner les dénominations et j'attend avec impatience de nouvelles pour tenir compte des évolutions taxonomiques.

procure toi si tu ne l'as déjà le CDRom Tax'IBD pour l'identification rapide, il comporte en plus une feuille de calcul Excel pour le calcul de l'IBD

le Guide de l'utilisateur est aussi une base dont je me sert souvent tant pour la détermination que pour la mise en oeuvre de l'IBD, tu peux le trouver sur le site du CEMAGREF http://cemadoc.cemagref.fr/exl-doc/pub/200...PUB00008265.pdf Attention ça fait 60 Mo

 

pour le x100 je ne vois pas ce qui serait mieux à part le microscope electronique pour la détermination au niveau de l'espece !!! au dela, la qualité intrinseque de la lumière pose les limites du grossissement...

 

au plaisir de te lire

 

Dominique