Cosmarium sous l' objectif x100

[Jean-Luc Bethmont (Picroformol)]

Bonjour,

 

Voici une chlorophycée (algue verte) vue avec l' objectif x100 (O.N. 1,25) à l' immersion: Coasmarium (réniforme ?):

 

                                                                           

 

Ses dimensions sont d' environ 65 sur 55 µm. Son enveloppe comporte comme des papilles.

Comme la profondeur de champ est très réduite j' ai fait un gif animé en utilisant les 30 images de chaque plan; Pour réduire le poids du gif animé j' ai réduit chaque image à 10 % de ses dimensions initiales.

     

                                                                         

Cordialement,

JL

 

P.S. savez vous si l' on peut mettre des gifs animés sur Youtube ?

[Tryphon T]

Bonjour Jean-Luc,

 

Excellent !

 

L'animation augmente considérablement la lecture de l'image.

On est comme aux oculaires.

 

Amitiés.

[Claude Brezisky]

Bonsoir,

Une compilation avec Hélicon Focus te donnerai une belle photo.

Cordialement

Claude

[Jean-Marc Babalian]

Hello,

 

Très très belle photo !

 

A+

 

JM

[pujante]

Très belle

[Jean-Luc Bethmont (Picroformol)]

Bonjour,

 

Merci pour vos appréciations;

J' ai essayé Hélicon Focus mais je trouve le résultat assez moyen;

Voici avec la méthode A:

 

                                                                    

 

Je pense que dans ce cas la structure interne est trop complexe, je vais poursuivre avec d' autres sujet pour comparer le "stacking" et le gif animé.

Cordialement,

JL

 

 

                            

[savant Cosinus]

Bonjour Jean-Luc,

 Pardonne mon ignorance, je suppose que le "gif animé" est une animation de plusieurs clichés de mise au point différente...? où le trouver et comment procèdes tu ? Est-ce moins exigeant en nombre de clichés que le stacking.

Cordialement

Cosinus

[Tryphon T]

Bonjour Jean-Luc,

Tout ceci est beaucoup de travail.
Une fois de plus, je vais être critique. (Cela veut dire : j'essaye de comprendre et non : je donne des leçons, car je n'arrive pas à vos chevilles...)

Pour la première photo de ton post, cela ressemble à la première photo de ta pile, donc il y a très peu de l'algue net.
Quand on regarde le GIF, on s’aperçoit que certaines vues sont nettes, celles du milieu de la pile et celles des extrêmes le sont beaucoup moins et d'autant plus que l'on s'éloigne du plan médian.
Je me pose donc des questions sur la méthode.

Je crois que l'on confond profondeur de champ, contraste et relief.
Pour me faire comprendre, je vais donner un exemple éloigné de la microscopie.

Si je veux faire une pile d'images d'un éléphant, je vais commencer par le plan le plus proche de moi et m'arrêter au plus éloigné.
La Palice !
Mais qu'est-ce que le plan le plus éloigné?
Ce n'est pas la partie cachée de l’éléphant, mais le plan qui à la plus grande largeur, c'est à dire qu'il va cacher tous les autres plus éloignés.
Si nous reprenons l'exemple de l'éléphant : le stacking ne gardera de chaque plan que les parties nettes, ainsi au final nous n'aurons qu'un demi-éléphant.
Si l'éléphant était une sphère, le stacking nous donnerait une série de couronnes de plus en plus grandes et au final serait représentée une demie-sphère.
Les algorithmes de stacking reprennent se principe



En microscopie (diascopique) tout est différent!
Les objets sont vus par transparence et APRES les plans les plus larges (si l'objet est une sphère, c'est le plan moyen) il peut y avoir encore des plans plus éloignés, mais visibles.
Un algorithme prévu pour représenter des surfaces opaques ne peut pas fonctionner sur des objets représentant des volumes transparents.
Si dans la pratique, il nous donne des résultats, ceux-ci sont erronés.

Pour les GIF animés, c'est tout différent :
Le gif ne fait qu'enregistrer les différents plans qui sont vus par l'oeil lors du pompage (variations de la MAP avec la vis micrométrique).
C'est donc l'équivalent fidèle de ce que nous observons, le cerveau faisant la synthèse des images pour se faire une représentation mentale du sujet, compte tenu de l'image fournie par l'objectif du microscope (qui peut avoir ses propres limites).

Le GIF animé est très utile pour donner une idée du volume ou du mouvement, mais comme le GIF animé est très exigeant en ressources mémoire, il est plus intéressant de présenter de simples photos avec une bonne résolution des plans de coupe du sujet les plus significatifs.
Au micrographe de choisir.

[savant Cosinus]

Merci, j'ai tout compris...

mais comme le GIF animé est très exigeant en ressources mémoire, il est plus intéressant de présenter de simples photos avec une bonne résolution des plans de coupe du sujet les plus significatifs.

 

... je prends note.

[Claude Brezisky]

Bonjour Jean Luc,

Ta photo de reconstruction par Hélicon est moins bonne parce que comme le dit Michel tu dépasses la moitié de l'épaisseur de la Cosmarium, le logiciel prend donc après les vues inférieure et essaye de les intégrer dans la reconstruction ce qui conduit le logiciel à faire des erreurs qui sont dues à la superposition des zones hautes par les zones basses (au dessous de la zone médiane).

Il faut donc se contenter de ne prendre que les zones visibles comme si le sujet était opaque, tu peux essayer aussi de ne faire que la partie inférieure invisible, normalement ça marche.

Tu peux jongler avec tous les réglages possibles qui te permettent de t'adapter à tout les sujets du plus simple au plus complexe.

Pour info: Hélicon 6 est maintenant disponible en français.

Perso, je préfère la photo à la vidéo.

Cordialement

Claude

Modifié le 1 août 2014 par Claude Brezisky

[Tryphon T]

mais comme le GIF animé est très exigeant en ressources mémoire, il est plus intéressant de présenter de simples photos avec une bonne résolution des plans de coupe du sujet les plus significatifs.
 

... je prends note.

 

Bonjour Cosinus,

 

Je n'ai pas voulu dire qu'il ne fallait pas faire de GIF ou de Vidéos!

Ce sont des techniques complémentaires.

Souvent, une bonne photo bien choisie dans l'épaisseur du sujet, peut remplacer un Gif, mais un Gif ou une vidéo apportent d'autres informations, surtout à celui qui n'a jamais vu le sujet.

Ils permettent une reconstitution spatiale qu'on a en live, mais pas sur une simple photo.

 

A+

[Jean-Luc Bethmont (Picroformol)]

Bonjour à tous,

 

En premier lieu je voulais vous rappeler le contexte de ma démarche si je suis passionné par la microscopie je le suis aussi par la photographie ( macro) et l'informatique. Tout cela dans le contexte de partage pour la microscopie.

A partir de là quels sont les moyens pour acquérir et diffuser ces observations:

Le dessin, la photo et la vidéo.

Comme je dessine mal et que ma caméra n' est pas très rapide (nbre images/sec) j' utilise principalement la photographie.

Pour les sujets plans et de très faible épaisseur (frottis sanguin par exemple) il n' y a pas de difficulté.

La question que je me pose pour les sujets épais c' est comment rendre compte au mieux de la structure du sujet.

Si le sujet est opaque alors effectivement l' empilement des plans est une bonne solution. Je comprends les remarques de Michel et Claude.

Si le sujet est transparent alors les choses se gâtent ( dans mon enthousiasme je voulais tout empiler avec des résultats mitijés et en fait équivalents quelque soit le logiciel utilisé) je vais tenir compte de la remarque de Claude et ne retenir qu' une "demie portion" du sujet.

J' ai donc chercher une autre façon de rendre compte des structures des sujets et je me suis tourné vers le gif animé. Pour répondre à Cosinus Le Gif animé est un fichier gif comprenant plusieurs images qui permettent d’obtenir une animation par affichages successifs . (C' est ancien mais cela revient à la mode dans les réseaux sociaux)

J' utilise le logiciel de stacking Picolay pour faire le gif animé:

http://www.picolay.de

Il est gratuit et simple d' utilisation. Pour faire un gif il suffit de lui donner la listes des images et le temps d' affichage des images en milliseconde et d' utiliser la commande faire un gif.

Le défaut du gif animé est son poids c' est pour cela qu' il est préférable de réduire la taille des photos et de comprimer chaque photo jpeg un peu plus que pour une photo unique. Par contre comme le dit Michel on a l' impression d' être aux oculaires.

Michel, Si les photos du gif de Cosmarium de début et fin sont moins nettes c' est qu' en fait sur ces photos il n' y a qu' une petite zone de netteté.

L' idéal serait de prendre différentes photos de certains sujets ( p.e. une diatomée) et d' en faire une reconstitution 3 D . Je ne sais pas si c' est à notre portée mais cela pourrait faire l' objet d' un projet.

Bon j' ai été bavard !

Cordialement,

JL

[Claude Brezisky]

Bonsoir,

Pour le 3D Hélicon focus pro le fait très bien mais pour les diatomées, il faut une amplitude réduite car autrement on arrive à n'importe quoi, c'est à dire que les reliefs sont très beau mais très éloignés de la réalité on est dans l'artistique. :rolleyes:

Cordialement

Claude

[pablito]

Photos de départ fabuleuses ( merci Jean Luc ) et débat passionnant

 

Du coup une question

Quand je fais du starking, je fais souvent 5 à 10 photos

Vous en faites souvent beaucoup plus.

Comment décidez vous du "pas" du starking ? Cela dépend de l'objectif ?

 

Pierre

[Tryphon T]

Bonjour Pierre,

 

Je n'en ai jamais fait, alors je laisserais parler les autres qui trancheront.

 

Etant donné que chaque objectif à un pouvoir pénétrant donné (qui se calcule par formule) il faut que l'épaisseur du sujet soit découpée en tranches égales à ce pouvoir pénétrant de manière à ce qu'il y ait continuité dans l'image.

Bon, maintenant, comme je le disais plus haut, je ne pense pas que les algorithmes de stacking soient adaptés aux objets transparents. (Jusqu'à preuve du contraire)

 

TT

[Claude Brezisky]

Bonjour Pierre,

Le pas doit être adapté à la difficulté du sujet, plus les détails sont fins plus le pas doit être faible.

Etant donné que chaque objectif à un pouvoir pénétrant donné (qui se calcule par formule) il faut que l'épaisseur du sujet soit découpée en tranches égales à ce pouvoir pénétrant de manière à ce qu'il y ait continuité dans l'image.

 

Non, il vaut mieux qu'il y est chevauchement car l'analyse du logiciel est facilité.

Cordialement

Claude 

[Jean-Luc Bethmont (Picroformol)]

Bonjour Pierre,

 

Pour le nombre d' image il n' y a pas de règle absolue.

Cela dépend de l' objectif, de son ouverture numérique, du sujet etc... cependant comme dit Claude il faut qu' il y ai un minimum de chevauchement des zones nette d' un plan à l' autre.

Comme il y a plusieurs méthode de détection des zones nettes il faut faire différents essais.

Pour ma part je procède de la façon suivante:

Je repère sur la vis micrométrique la graduation correspondante au plan net supérieur puis au plan net inférieur; Si j' ai par exemple 50 graduations d' écart je fait une photo  toute les deux graduations soit 25 photos. En général cela fait entre 20 et 60 photos.

Cordialement,

JL