Jean-Luc Bethmont (Picroformol)

Bonjour Jean-Marie Concernant l' I.A. j'ai utilisé Gemini, je lui ai téléchargé la dernière photo et lui ai écrit le prompt suivant: "la microphoto est un grain de sable observe avec l 'objectif 40 zoom x2 provenant d une plage de bretagne mais que sont les motifs observes ?" Voici sa réponse: " Ces superbes motifs géométriques en forme de "chelles" ou de grilles articulées sont des frustules de diatomées marines, très probablement observées en vue connective (de profil) ou sous forme de colonies rubanées. Comme le sable provient d'une plage de Bretagne, il s'agit ici typiquement de diatomées épipsammiques (qui vivent fixées sur les grains de sable) ou benthiques. Voici quelques détails sur ce que l'on observe : L'anatomie de ces structures La composition : Ce que vous voyez est une "boîte" de silice pure (le frustule) qui protège l'algue unicellulaire. La silice résiste parfaitement aux vagues et aux frottements des grains de sable, ce qui explique pourquoi elles sont si bien conservées ici. L'agencement : Les lignes parallèles bien marquées et les motifs transversaux (les stries ou cloisons internes appelées septa) sont caractéristiques de certains genres marins coloniaux. Les pistes taxonomiques probables Au vu de la morphologie rectangulaire, des bandes intercalaires et des motifs striés réguliers, cela évoque fortement des genres comme : Striatella (ex: Striatella unipunctata) : Très courante sur les côtes bretonnes, elle forme des chaînes de cellules rectangulaires avec de nombreuses cloisons internes visibles de profil. Grammatophora : Également très fréquente en zone intertidale fixée aux substrats, formant des cordons en zigzag ou des rubans, reconnaissable à ses lignes internes et ses perforations régulières. Fragilaria / Odontidium (ou formes proches) : Qui s'assemblent en bandes ou en plaques très rigides." Ces superbes motifs géométriques en forme de "chelles" ou de grilles articulées sont des frustules de diatomées marines, très probablement observées en vue connective (de profil) ou sous forme de colonies rubanées. Je n'ai pas trouver de photos semblables sur le Web et je n'ai pas pu identifier ces diatomées, si tu as une idée ? Pour le prélèvement j' ai , entre autre, brossé des roches . Amicalement, JL

Bonjour, J'ai récolté récemment sur des plages de La Trinité sur Mer des prélèvements pour examiner des diatomées. J'en ai traité un partie pour les frustules et j'ai conservé une partie tel quel. Dans cette dernière j'ai examiné les grains de sable. Certains grains de sable avaient comme gravé en surface des "structures bizarres" : Comme j' étais perplexe j' ai demandé à Gemini et Claude ce qu'ils en pensaient réponse: les motifs sont des diatomées "epipsammiques" c'est à dire des diatomées qui vivent en étroite association avec des particules de sédiments individuelles comme les grains de sable. Euréka ! j' avais une explication... Voici des vues au X40: Ces diatomées forment des "rubans" chaque diatomée en vue connective mesure entre 60 et 80 µm de long et 6 à 8 µm de large. Je n'ai pas pu utiliser d' objectif plus puissant pour avoir plus de détails. Je n'ai pas pu identifier ces diatomées ? Cordialement, JL

Bonjour Izmi, Ta démarche est très interessante car, pour moi, elle montre la progression que l’ on peut avoir entre l’ image « brute » et l’ image générée à partir d’ une demande écrite (prompt). Dans ce processus on peut avoir: - l’image ou les images d’origine - l’ image résultante du stack - l ‘ image corrigée à l’aide d’ un logiciel - l’ image corrigée par l’ I.A. - l’ image imaginée par l’ I.A. Après on peut se demander jusqu’ ou aller dans les corrections (améliorations de l’ image). Autant le fait d’augmenter le contraste, diminuer le bruit ou faire la balance des blancs par exemple me semble acceptable autant les images générées par l’ I.A. actuelle (version gratuite) sont à prendre avec précaution. J’ attends beaucoup des « World Models » (Défendus par Yann Lecun)qui cherchent à modéliser le monde : https://www.blogdumoderateur.com/world-models-vers-ia-comprend-monde/ Pour terminer j' ai demandé à Gemini de générer une image avec le prompt suivant: "génère une image de diatomée Cymbella tumida prise au microscope optique avec un ojectif x100 en lumière transmise avec un éclairage oblique" Voici le résultat: Amicalement, JL

J'ai oublié la radula du bulot !

Bonjour, Pour faire écho à la discussion sur: "comment obtenir un croquis à partir d'une image à l' aide de l' intellligence artificielle" qui n'est pas parfaite, je vous propose une méthode informatique ("old school") avec une bibliothèque python: opencv (open computer vision) qui permet différentes manipulation s sur les images et les vidéo entre autre. Pour obtenir un croquis l' image couleur est convertie en niveau de gris puis transformée en négatif ensuite floutée enfin cette image floutée est soustraite de l' image en niveau de gris. En une dizaine de lignes de code on obtient le résultat escompté. Voici un exemple sur une image d' acarien: Et le croquis obtenu : Dans un deuxième temps on peut coloriser ce croquis en apportant les couleurs de l' image initiale par fusion entre les deux images: Un deusième exemple avec un coleps : Dans le processus on peut régler différents paramètres pour avoir des traits plus ou moins épais, plus ou moins de couleurs etc... Cordialement, JL

Bonjour Jean-Jacques, Il ya de nombreuses variantes pour cette préparation ... chacun sa recette néanmoins voici quelques pistes: - filtre la recolte avec un filet à maille fines inferieure au mm pour éliminer les plus gros débris - laisser agir plus longtemps l' eau de Javel (on peut aussi utiliser des pastilles pour nettoyer les piscines - centrifuger à basse vitesse (800 tr/mn) -remplacer la centrifugation par une sédimentation lente en tube à essais inclinés à 45° - dilue un peu plus ta préparation avant l' examen au microscope - enfin si dans ta récolte du a des débris mineraux genre grains de sable tu les retrouveras inévitablement à la fin Voici un lien pour la préparation: https://scispace.com/pdf/a-simple-inexpensive-method-for-cleaning-diatoms-19zlsxslmj.pdf Cordialement, JL

Bonjour Dominique, Bravo pour cette superbe présentation qui a dû de demander pas mal de temps ! cordialement, JL

Merci Dominique pour toutes ces informations sur l' ananas. Le vocabulaire des botanistes est vraiment riche, précis et varié ! Je l' apprécie aussi dans la Piña colada. Amicalement, JL

Super bonne idée 👍

Bonjour, Merci pour vos conseils, j'ai aussi retrouvé un document de Jean Marc " Modifier l’éclairage classique d’un microscope en éclairage LED". Je vais regarder aussi comment commander la LED avec les ports GPIO du Raspberry et comment integrer cela avec le "DC-DC step down de JMP" . Comme je n'y connais pas grand chose en électronique cela va me demander un certain temps.... Je reviendrais vers vous pour d' autres conseils. Amicalement, JL

Bonjour à tous, D' abord mes excuses Jean-Marie ! JMP j' ai relu ton article que j' avais oublié: il est toujours bon de s' inspirer de l' expérience des autres... Voici les photos pour la place de la lampe dans mon micro: cette première photo montre la lampe dans son boitier retirée du statif (lampe 6v 30W) la deuxième vue de profil il y a 12 mm de dégagement: la troisième l' arrière du statif ou vient s' enclencher le boitier avec les emplacements des deux grosses fiches qui maintiennent le boitier: Est ce qu'une LED de ce type peut convenir https://www.e44.com/composants/composants-actifs/optoelectronique/led/leds-cms/led-puissance-3w-star-blanc-ambiant-750ma-3300k-3.4...4v-LED3WCMS-WW.html et comment l' alimentée pour avoir un courant continu filtré avec une tension commandée via les ports GPIO du Raspberry ? P.S. Concernant ChatGPT: il me rend de grands services pour l'écriture de code avec ses limites bien sûr ! Pour Neat Image il m'a cité une bibliothèque Python qui ferait aussi bien que neat Image c'est "bm3d" je ne l'ai pas encore testée. Amicalement, JL

Bonjour Dominique, J'ai lu ton sujet, j' avais l' impression de lire un roman policer. Tu mènes une véritable enquête... Amicalement, JL

Bonsoir Jean-Marc, Je te remercie pour ton intérêt et je pense quand réunissant l' informatique, les micro ordi (Arduino,Raspberry Pi etc...) et nos microscopes ont pourrait faire pas mal de projets intéressants. Concernant le zooplancton il n'y a pas de problème, la détection doit aussi fonctionner il suffit d' ajuster le paramètre de seuil de la détection. Dans mon exemple j' utilise l' aire calculée par le contour de l' organisme en mouvement quelque soit sa vitesse et sa forme. La bibliothèque OpenCV est riche, on peut détecter des carrés ,des ronds, des structures particulières (coins) sans compter sur l' utilisation de modèles entraînés (deep learning) etc... Concernant le scintillement j' avais pensé aux LEDs mais je n'ai pas les connaissances nécessaires pour faire un tel montage (remplacer la lampe halogène du micro par une LED) et effectivement l' idée de suralimenter la LED est très intéressante. La RaspberryPi possède des broches GPIO permettant de piloter pas mal de choses. Le programme pourrait avoir la séquence suivante: détection, suralimentation LED, prise de vue, arrêt de la suralimentation de la LED. Si tu peux faire un schéma de montage avec alimentation de la LED, les caractéristiques des pièces à commander, je suis preneur... Enfin on peut gagner en luminosité en faisant un binning 2x2 ou 4x4 par addition (regroupement des valeurs des pixels) ce qui multiplie par 4 ou 16 la luminosité (au détriment du nombre de pixel constituant l' image. Image neat (que je n' utilise pas encore) améliore le bruit et préserve les détails. Je vais demander à chatGPT comment il travail afin d' essayer de l' ajouter au programme (c'est peut-être ambitieux !) Amicalement, JL

Suite...... Les photos sont prises à l' objectif x40 et recadrées. La vitesse de prise de vue va du 1/2000 au 1/1000. On arrive à obtenir des détails intéressants ! Il y a pas mal de déchets dans les photos, il faut faire du tri après. Comme le temps de pose est très court je suis obligé d' augmenter le gain ce qui produit du bruit. l' autre problème vient du courant alternatif qui alimente l' éclairage halogène (50 Hz) ce qui fait qu'il y a du "scintillement" (flickering) en desous d' un temps d' expo inférieur au 1/100. Je dois refléchir à ces 2 points...... Mais c'est quand même cool de lancer le programme et d' aller boire un café en attendant Cordialement, JL

Bonjour, Pour rebondir sur le sujet du ralentissement des ciliés et des remarques de Jean-Marc qui utilise un flash incorporé à l' éclairage du microscope je me suis demandé si l' on pouvait tiré le portrait de ces "bolides" avec une caméra basique. J' utilise maintenant un capteur Sony IMX477 pilotable entièrement via la bibliothèque Picamera2 (en python) avec un Raspberry Pi4: https://forum.mikroscopia.com/topic/19143-camera-sony-et-raspberry/#comment-79351 Donc j' ai développé un programme qui permet de capturer des images avec une vitesse d' obturation de 100 à 1000 µ secondes (soit 1/10000 à 1/1000 sec). Pour pouvoir déclencher automatiquement la prise de vue j' ai choisi de détecter les objets (ciliés) en mouvement dans le champ de capture sur la base de la soustraction du fond (background subtractor). Je met sur la platine la lame avec l' échantillon et la lamelle, je fais la mise au point et je démarre le programme. Une première photo du fond est capturée puis le programme recherche à chaque capture combien de pixels ont changés. Le programme trace le contour des objets en mouvement , si l' objet en mouvement à une surface dont la valeur est supérieure à une limite alors la prise de vue est déclenchée et la photo est enregistrée puis le programme attend un nouvel objet en mouvement etc... Ci dessous l' écran de contrôle de détection du mouvement: Pour avoir plus de chance de détecter un cilié j' utilise un morceau de lamelle. Voici quelques ciliés détectés:

Bonjour Dominique, Ton article est, encore une fois, très interessant (mes parents cultivaient du blé en autre) effectivement les rendements ont fortement augmentés depuis 1950. Je voulais juste ajouter que la récolte dépend de nombreux facteurs en dehors d'un talle de bonne qualité comme les conditions météo avant la récolte (blé couché qui ne peut être moissonné) épis et grains chétifs ,moisissure etc... Amicalement, JL

Bonjour, J' ai trouvé ce site sur les cochenilles: https://passion-entomologie.fr/cochenilles-vecteurs-de-virus/ Cordialement, JL

Bonjour Dominique, Tu nous racontes là une belle histoire (naturelle). A quoi correspond la zone verdâtre au sommet de la tête ? Cordialement, JL

Merci pour ta réponse mais je m' aperçois que la durée de conservation est assez réduite ! Donc profitons de tes images ...

Bonjour Jean Marie, Quel beau bestiaire tu nous offres là ! J' ai une question: il m' arrive d' aller de temps à autre au bord de mer, je fais des prélèvements que je ramène à la maison pour observation mais ils ne se conserve pas. Quel est le moyen le plus simple pour améliorer cette conservation afin d' avoir le temps de poursuivre les observations et si il faut des produits spécifiques où se les procurer. Merci d' avance, JL

Bonjour Tryphon, Quel est le domaine d' utilisation des spectromètres de poche ? J' ai utilisé des spectrophotomètres de laboratoire dans le domaine de l' analyse médicale mais concrètement que fait-on avec un spectro de poche ? Cordialement, JL